Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001128`

染色体: Chr07 坐标: 8449424-8451671 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001128`
名称	SmilChr07G001128
描述	butanoate--CoA ligase AAE1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8449424 - 8451671 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992300`
GeneID	`130992300`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992300`
原始查询	`SmilChr07G001128`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	butanoate--CoA ligase AAE1-like
产物	butanoate--CoA ligase AAE1-like
Arabidopsis	`AT2G17650` (AT2G17650) AMP-dependent synthetase and ligase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816272] identity=67.1; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0133500` (OsACS) - identity=63.5; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00501 (AMP-binding); PF13193 (AMP-binding_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057772851.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057772851.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772851.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772851.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8449694`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B76
`Chr7:8449694`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B76
`Chr7:8449764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:8449804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr7:8449843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr7:8449963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C77
`Chr7:8450001`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B18,B54,B55,C35,C40,D9
`Chr7:8450119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B125,B140,C53,D5
`Chr7:8450125`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:8450202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B14,C33,C46,D7
`Chr7:8450214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:8450317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B136,B32,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772851.1

592 aa

296

592

AMP-binding

AMP-binding_C

PF00501 AMP-binding 63-446 aa PF13193 AMP-binding_C 496-570 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772851.1`	Pfam	`PF00501`	AMP-binding	Family	63	446	1.2e-77	262.1	AMP-binding enzyme
`XP_057772851.1`	Pfam	`PF13193`	AMP-binding_C	Domain	496	570	2.8e-23	83.3	AMP-binding enzyme C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916868.1
ATGATGTCTCGCAATCATGAAGTCATGCTCATGCATGCACATTGTCCTTTCCGCATTTTTTACTTTAATTTCCCCCAACCCAACTTCATGCCCATACTAATCCTCTTCGTCTCCGTCCAGCCATGATTCACTTTTTCCGGCGACGGAGTTCAATCTGCACCGCCTGGCTCTTCAATGGAGCCAACCAAATCCGCCCTACACAAATCTGGAGGAGTCTTTGTGAATTGCCAGAAAATATTGAAGATTCGTCGTGGAAGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992300
ATGATTCACTTTTTCCGGCGACGGAGTTCAATCTGCACCGCCTGGCTCTTCAATGGAGCCAACCAAATCCGCCCTACACAAATCTGGAGGAGTCTTTGTGAATTGCCAGAAAATATTGAAGATTCGTCGTGGAAGTCAATGGAGAGGTCGCCGGCTAATTACGTGCCGTTGTCGCCGGTGAGCTTTCTGGAGAGAGCTGCCAAGGTTTACAGAGATCGAACTTCAGTTGTCTATGGTTCTGCTCAATTCACTTGGAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772851.1
MIHFFRRRSSICTAWLFNGANQIRPTQIWRSLCELPENIEDSSWKSMERSPANYVPLSPVSFLERAAKVYRDRTSVVYGSAQFTWKQTHLRCVKLASALAHLGVSRGDVIAILAPNIPAMQELHFAVPMAGAVICTLNTRHDSSMISTLLRHSEARIIFVDHQLLHTAQGAFDLLAKDTLKPPLLVLIPDPNSPSPSASIPDHTHEYETLLAGGDASYKARRPRTEWDPISVNYTSGTTSRPKGVVYNHRGAYLNALATL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器