当前解析结果
SmilChr07G001134| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001134 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001134 |
| 描述 | DCC family protein At1g52590, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8518343 - 8519584 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992307 |
|---|---|
| GeneID | 130992307 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992307 |
| 原始查询 | SmilChr07G001134 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DCC family protein At1g52590, chloroplastic |
| 产物 | DCC family protein At1g52590%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G52590 (AT1G52590)Putative thiol-disulfide oxidoreductase DCC [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841691] identity=69.7; qcov=1; evalue=7.56e-88; confidence=high |
| Rice | Os01g0173000- identity=72.7; qcov=0.629; evalue=1.7e-53; confidence=high |
| GO | GO:0015035 (protein-disulfide reductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04134 (DCC1-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992307 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057772858.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057772858.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772858.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772858.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772858.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8518801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:8518853 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:8518856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B101,B122 |
Chr7:8519009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr7:8519242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr7:8519272 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,D7 |
Chr7:8519326 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772858.1PF04134
DCC1-like 60-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772858.1 |
Pfam | PF04134 |
DCC1-like | Family | 60 | 169 | 3.6e-28 | 99.8 | DCC1-like thiol-disulfide oxidoreductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。