当前解析结果
SmilChr07G001137| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001137 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001137 |
| 描述 | O-fucosyltransferase 13 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8530727 - 8533687 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992309 |
|---|---|
| GeneID | 130992309 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992309 |
| 原始查询 | SmilChr07G001137 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | O-fucosyltransferase 13 |
| 产物 | O-fucosyltransferase 13 |
| Arabidopsis | AT1G52630 (AT1G52630)O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841695] identity=77.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0537900 (DERF7)- identity=72; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10250 (O-FucT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992309 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057772862.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057772862.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772863.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772863.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772863.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8531147 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:8532529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B55 |
Chr7:8533129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:8533299 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B78,B82,C4 |
Chr7:8533312 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B14,C33,C46,C53 |
Chr7:8533380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772862.1PF10250
O-FucT 78-384 aa
XP_057772863.1PF10250
O-FucT 1-295 aa
XP_057772864.1PF10250
O-FucT 1-295 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772862.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 78 | 384 | 1.1e-62 | 213.5 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
XP_057772863.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 1 | 295 | 1.2e-56 | 193.6 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
XP_057772864.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 1 | 295 | 1.2e-56 | 193.6 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。