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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001146`

染色体: Chr07 坐标: 8610833-8613331 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001146`
名称	SmilChr07G001146
描述	uncharacterized SmilChr07G001146
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8610833 - 8613331 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992321`
GeneID	`130992321`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992321`
原始查询	`SmilChr07G001146`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsRFP; symbol=OsRFP; hit=Os12g0267900; species=rice; confidence=medium
产物	OsRFP; symbol=OsRFP; hit=Os12g0267900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G27330` (AT3G27330) zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822354] identity=42.5; qcov=1.03; evalue=1.01e-74; confidence=medium
Rice	`Os12g0267900` (OsRFP) - identity=43.1; qcov=1.06; evalue=1.32e-75; confidence=medium
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0031491 (nucleosome binding); GO:0035861 (site of double-strand break); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772888.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057772888.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057772888.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772888.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8611062`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B14,B80,C81
`Chr7:8611062`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B14,B80,C81
`Chr7:8611111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C52
`Chr7:8611277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B91,C19,C31,C60
`Chr7:8611324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96
`Chr7:8611345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr7:8611558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:8611706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B55,B69,C5
`Chr7:8611944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96
`Chr7:8612206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr7:8613053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772888.1

354 aa

177

354

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

PF13445 zf-RING_UBOX 156-192 aa PF00097 zf-C3HC4 156-194 aa PF13923 zf-C3HC4_2 156-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772888.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	156	192	1.7e-06	28.6	RING-type zinc-finger
`XP_057772888.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	156	194	5.2e-08	33.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057772888.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	156	194	1.4e-07	31.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916905.1
ATTACCGTTGTACAACTTCTCTTATTCCTTCCCCCAATCCGCAGCAATAATTCCGCCATATCGGAATCTCTAAGCTTCAGAAGAAAATGGTTGTTCCTTTTTGAAGACGATTCGAACAGGAACCCCGAAATCTCGGGAAACCCAGCCAAAAAACGACTAGAAATCATGGAAAATGGACAGAAAGATGAGAGTTTGTTCAGTCCGGGGTTCCGATCAGTCGCCGCCATGGCTGGTTGGGACGAAGAGGCGCTCTTGATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992321
ATGGAAAATGGACAGAAAGATGAGAGTTTGTTCAGTCCGGGGTTCCGATCAGTCGCCGCCATGGCTGGTTGGGACGAAGAGGCGCTCTTGATCGCAAGCCTCATCGTCGAAGACACCCCCGATCGACAGTTCAAGCAGAAGAAGAGATCCGATTTGCACAGTTTGAAAACCCCACCAACAAATTCAAGAAGAAAACGGAGGGCTCAGAGACAAAGTCCTATACCTGTTACCGTTCTTGATCTTGATGAAGATGAGCCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772888.1
MENGQKDESLFSPGFRSVAAMAGWDEEALLIASLIVEDTPDRQFKQKKRSDLHSLKTPPTNSRRKRRAQRQSPIPVTVLDLDEDEPIPVTVLDLDEDEPKPKQESESTSKEGTGIAEVEKHSSRVEDEEVNAKSSGVSSSTPSIPCLDRLREELSCAICLEICYEPSTTPCGHSFCKKCLSSAADRCGRKCPKCRQIISTGKYCKVNTVLWNTVQLLFPQEVEARKAADSASESGEHPQSRTRNHHITRSRAVEDLRSLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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