Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001147`

染色体: Chr07 坐标: 8620469-8624299 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001147`
名称	SmilChr07G001147
描述	uncharacterized SmilChr07G001147
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8620469 - 8624299 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992322`
GeneID	`130992322`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992322`
原始查询	`SmilChr07G001147`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0197800; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os02g0197800; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G27340` (AT3G27340) Myb domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822355] identity=61.8; qcov=0.752; evalue=1.36e-31; confidence=medium
Rice	`Os02g0197800` - identity=66; qcov=0.96; evalue=1.33e-37; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06155 (GBBH-like_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057772889.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057772889.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772889.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772889.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772889.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8622971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr7:8623556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B19,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772889.1

138 aa

N

1

69

138

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 31-108 aa

XP_057772890.1

138 aa

N

1

69

138

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 31-108 aa

XP_057772891.1

138 aa

N

1

69

138

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 31-108 aa

XP_057772892.1

138 aa

N

1

69

138

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 31-108 aa

XP_057772893.1

138 aa

N

1

69

138

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 31-108 aa

XP_057772894.1

101 aa

N

1

50

101

GBBH-like_N

C

PF06155 GBBH-like_N 30-90 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772889.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	31	108	1e-19	71.8	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
`XP_057772890.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	31	108	1e-19	71.8	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
`XP_057772891.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	31	108	1e-19	71.8	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
`XP_057772892.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	31	108	1e-19	71.8	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
`XP_057772893.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	31	108	1e-19	71.8	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
`XP_057772894.1`	Pfam	`PF06155`	GBBH-like_N	Domain	30	90	5.5e-10	40.6	Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091269.1
GAGAGAGAGAGTTGGAATGATGGGGCGAACTCTCAAGAGCGCGATTCGTTGTGTACAGACGGCGGCCGAGTGCCCTCGCCTCACCAAACTCTCACTTCACGCTCCTAAATCAGTGGAGGTGGAATTTGATAACGGCAGTGCATATAATCTGTCAGCTGAATACTTGCGAGTATATAGCCCTGCAGTTGACAGTAAGATCAGATCAGTTGGAGGAGAAAAGGTTATAGCTGGGAGGCGTGATGTTGGGATCATGTCTGCAG...

XR_009091268.1
GAGAGAGAGAGTTGGAATGATGGGGCGAACTCTCAAGAGCGCGATTCGTTGTGTACAGACGGCGGCCGAGTGCCCTCGCCTCACCAAACTCTCACTTCACGCTCCTAAATCAGTGGAGGTGGAATTTGATAACGGCAGTGCATATAATCTGTCAGCTGAATACTTGCGAGTATATAGCCCTGCAGTTGACAGTAAGATCAGATCAGTTGGAGGAGAAAAGGTTATAGCTGGGAGGCGTGATGTTGGGATCATGTCTGCAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA

LOC130992322
ATGATGGGGCGAACTCTCAAGAGCGCGATTCGTTGTGTACAGACGGCGGCCGAGTGCCCTCGCCTCACCAAACTCTCACTTCACGCTCCTAAATCAGTGGAGGTGGAATTTGATAACGGCAGTGCATATAATCTGTCAGCTGAATACTTGCGAGTATATAGCCCTGCAGTTGACAGTAAGATCAGATCAGTTGGAGGAGAAAAGGTTATAGCTGGGAGGCGTGATGTTGGGATCATGTCTGCAGAACCTGTGGGAAACTA...

LOC130992322
ATGATGGGGCGAACTCTCAAGAGCGCGATTCGTTGTGTACAGACGGCGGCCGAGTGCCCTCGCCTCACCAAACTCTCACTTCACGCTCCTAAATCAGTGGAGGTGGAATTTGATAACGGCAGTGCATATAATCTGTCAGCTGAATACTTGCGAGTATATAGCCCTGCAGTTGACAGTAAGATCAGATCAGTTGGAGGAGAAAAGGTTATAGCTGGGAGGCGTGATGTTGGGATCATGTCTGCAGAACCTGTGGGAAACTA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA

XP_057772889.1
MMGRTLKSAIRCVQTAAECPRLTKLSLHAPKSVEVEFDNGSAYNLSAEYLRVYSPAVDSKIRSVGGEKVIAGRRDVGIMSAEPVGNYGVRLLFDDLHKTGIFTWDYFYYLGSNKFSLMRNYIGTLKKHGLSRDPRTRK

XP_057772890.1
MMGRTLKSAIRCVQTAAECPRLTKLSLHAPKSVEVEFDNGSAYNLSAEYLRVYSPAVDSKIRSVGGEKVIAGRRDVGIMSAEPVGNYGVRLLFDDLHKTGIFTWDYFYYLGSNKFSLMRNYIGTLKKHGLSRDPRTRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器