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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001150

染色体: Chr07 坐标: 8635085-8637112 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001150
名称SmilChr07G001150
描述protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8635085 - 8637112 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992325
GeneID130992325
locus_tag-
NCBI NameLOC130992325
原始查询SmilChr07G001150

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1-like
产物protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1-like
ArabidopsisAT1G27340 (LCR)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839623]
identity=23.3; qcov=1.01; evalue=3.39e-15; confidence=weak
RiceOs01g0923900 (OsFbox053)
-
identity=25.6; qcov=0.899; evalue=6.04e-20; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772896.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772896.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057772896.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772896.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8635663 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B34
Chr7:8635663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:8635870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C33
Chr7:8635902 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B69
Chr7:8635902 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B69
Chr7:8636182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C38,C51
Chr7:8636305 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr7:8636305 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr7:8636354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772896.1
356 aa
N
1
178
356
F-box-like
F-box
C
PF12937 F-box-like 2-34 aa PF00646 F-box 2-35 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772896.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 2 34 2.4e-10 40.7 F-box-like
XP_057772896.1 Pfam PF00646 F-box Domain 2 35 9.7e-10 38.7 F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916913.1
ATTTAAGAAAATAATTAGTTTGGTATGTATAAATAACTTGTTTTTAACTTTTTAATATCTTTTTATGTTTTATTTGACATTTTTGCTTTTGTAACATTTTTTTATTTAAACACCCCCAATCACTATAAAACGTATTTCAATTTAAAAATTTAAATATTTATATATTATTATTATGTATGAAACCTGTAATTGTGAATAATTTGTTTTGAAAATTGAATATCATGAGTCGAACTGGTGTGTAAAACTAAGTTCACCTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992325
ATGTGGAGCAATCTCCCAATTGATCTGCTACTCAACATCTTCTCCCACCTCCCGCCGGACTCCCTGGCACGGGCCCGCGCCGCCTGTCGGAGCTGGCGCGCCACCTCGGAGCTGGCGGTTTCCCGCAACTGCCACCCGCCGTGGTTCGTGGCATTGCCGGCTCGCGGCTGGGGCCTTTCCTGCTACGCACACAATCCAGTCAAAGACAGTTGGCACGTCCTAGATCTTGATCGCACCACCACCCCGATGAGGCCGATCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772896.1
MWSNLPIDLLLNIFSHLPPDSLARARAACRSWRATSELAVSRNCHPPWFVALPARGWGLSCYAHNPVKDSWHVLDLDRTTTPMRPIAAIGGLILLKLGSAARLQLAICNPFTNQFRALPALRVARTNPAVGVVEDDGDRGFKIYVAGGMSESAGGGAVYEASVEVYDSSCSGGGWGVVGAMPVELAVRLTVWTPNESVWSGDGVLYWMTSARAYSVMGFDMSSKTWREVGVPMADRLEFAALVRREGRLAVVGGTCGGGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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