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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001151

染色体: Chr07 坐标: 8638711-8640583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001151
名称SmilChr07G001151
描述uncharacterized SmilChr07G001151
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8638711 - 8640583 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992328
GeneID130992328
locus_tag-
NCBI NameLOC130992328
原始查询SmilChr07G001151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述tail fiber [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830998]; symbol=AT5G11280; hit=AT5G11280; species=arabidopsis; confidence=medium
产物tail fiber [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830998]; symbol=AT5G11280; hit=AT5G11280; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G11280 (AT5G11280)
tail fiber [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830998]
identity=39.8; qcov=1.02; evalue=4.18e-44; confidence=medium
RiceOs01g0555300
-
identity=36; qcov=1.01; evalue=3.14e-43; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772900.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057772900.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057772900.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772900.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772900.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8638979 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B29,B37,C24,C51
Chr7:8638979 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 4 B29,B37,C24,C51
Chr7:8639827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:8639876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B67,C53,C9
Chr7:8639893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:8639963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B37,B9
Chr7:8640131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:8640240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B78,B82,C33,C4,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916917.1
ATAATTAATTATGAAAGTTTTTAATAATTTCATTAGCAAGTAGATGCATTTTCGTATTTCCCCCGCAAAATTCTGAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGATGAAAATTTTCTGAACTATATTGCTATTGGCTTTAGGATCCACATACAAATTTCCGAAAGGAATTAAAAAAGAAAATAAAATTAGGTTTTACACTTTCCAATTCTCCTGCAACATGGGGTTCTCATCAAAAAAATGGGCACAAATCATATCTAATTTCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992328
ATGGGGTTCTCATCAAAAAAATGGGCACAAATCATATCTAATTTCGCCTCCCTTTTGTATTTTTTCATAATCATTGTGCAAGTCCCACTATTCAGAGTTCCATGTAGAATCGGCAGTTGCCAAACACCGGTGGAGGTGATGGCCTGCGCGAGTGAATTCCTCCCCGAGTTTGTGGTGAAGGCCCTTCTCTATCCGGGAGCAGTTAAGCGGGCTCTGATGGAGGGCGCAGCCGTGCCAAGCCCTGATCAACTGCTGCATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772900.1
MGFSSKKWAQIISNFASLLYFFIIIVQVPLFRVPCRIGSCQTPVEVMACASEFLPEFVVKALLYPGAVKRALMEGAAVPSPDQLLHPYKFKKGKKTDLRQLEVIVGSYLCVAGAFVGLLRRGRMSYLGLTLILWGIAREMFFGGKHATKAPCLFPQMIITMVIAFFSMRRDVRKLLKCCIPDCVAERLKNRSKAKYS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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