当前解析结果
SmilChr07G001154| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001154 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001154 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001154 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8648464 - 8652297 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992330 |
|---|---|
| GeneID | 130992330 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992330 |
| 原始查询 | SmilChr07G001154 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812]; symbol=AT3G15690; hit=AT3G15690; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812]; symbol=AT3G15690; hit=AT3G15690; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G15690 (AT3G15690)Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812] identity=52.5; qcov=1.01; evalue=1.82e-87; confidence=high |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00364 (Biotin_lipoyl) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992330 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057772906.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057772906.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772906.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772906.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772906.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8648883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:8649008 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:8649049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:8649363 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr7:8650180 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:8650181 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:8650884 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B103,B122,B131,C59 |
Chr7:8650909 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772906.1PF00364
Biotin_lipoyl 207-261 aa
XP_057772907.1PF00364
Biotin_lipoyl 206-260 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772906.1 |
Pfam | PF00364 |
Biotin_lipoyl | Domain | 207 | 261 | 2.1e-09 | 37.8 | Biotin-requiring enzyme |
XP_057772907.1 |
Pfam | PF00364 |
Biotin_lipoyl | Domain | 206 | 260 | 2.1e-09 | 37.8 | Biotin-requiring enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。