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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001156

染色体: Chr07 坐标: 8654472-8664924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001156
名称SmilChr07G001156
描述transcription factor IIIB 60 kDa subunit-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8654472 - 8664924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992329
GeneID130992329
locus_tag-
NCBI NameLOC130992329
原始查询SmilChr07G001156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor IIIB 60 kDa subunit-like
产物transcription factor IIIB 60 kDa subunit-like
ArabidopsisAT3G09360 (AT3G09360)
Cyclin/Brf1-like TBP-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820092]
identity=47.6; qcov=0.964; evalue=4.88e-144; confidence=high
RiceOs05g0305100
-
identity=44.5; qcov=1.05; evalue=8.25e-152; confidence=medium
GOGO:0000126 (transcription factor TFIIIB complex); GO:0000995 (RNA polymerase III general transcription initiation factor activity); GO:0001006 (RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006383 (transcription by RNA polymerase III); GO:0017025 (TBP-class protein binding); GO:0070897 (transcription preinitiation complex assembly); GO:0097550 (transcription preinitiation complex)
KEGG-
PfamPF00382 (TFIIB); PF07741 (BRF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772901.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772901.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772901.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772901.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772901.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8655365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B80,D5
Chr7:8657247 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A20,C15
Chr7:8657247 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 A20,C15
Chr7:8658390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,A4
Chr7:8658627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:8658686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr7:8660342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:8660525 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr7:8660525 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772901.1
584 aa
N
1
292
584
TFIIB
TFIIB
BRF1
C
PF00382 TFIIB 67-157 aa PF00382 TFIIB 169-259 aa PF07741 BRF1 406-531 aa
XP_057772902.1
584 aa
N
1
292
584
TFIIB
TFIIB
BRF1
C
PF00382 TFIIB 67-157 aa PF00382 TFIIB 169-259 aa PF07741 BRF1 406-531 aa
XP_057772903.1
580 aa
N
1
290
580
TFIIB
TFIIB
BRF1
C
PF00382 TFIIB 67-157 aa PF00382 TFIIB 169-259 aa PF07741 BRF1 406-531 aa
XP_057772904.1
580 aa
N
1
290
580
TFIIB
TFIIB
BRF1
C
PF00382 TFIIB 67-157 aa PF00382 TFIIB 169-259 aa PF07741 BRF1 406-531 aa
XP_057772905.1
580 aa
N
1
290
580
TFIIB
TFIIB
BRF1
C
PF00382 TFIIB 67-157 aa PF00382 TFIIB 169-259 aa PF07741 BRF1 402-527 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772901.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 67 157 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772901.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 169 259 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772901.1 Pfam PF07741 BRF1 Domain 406 531 7.3e-24 84.7 Brf1-like TBP-binding domain
XP_057772902.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 67 157 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772902.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 169 259 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772902.1 Pfam PF07741 BRF1 Domain 406 531 7.3e-24 84.7 Brf1-like TBP-binding domain
XP_057772903.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 67 157 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772903.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 169 259 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772903.1 Pfam PF07741 BRF1 Domain 406 531 1.5e-24 86.9 Brf1-like TBP-binding domain
XP_057772904.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 67 157 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772904.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 169 259 5e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772904.1 Pfam PF07741 BRF1 Domain 406 531 1.5e-24 86.9 Brf1-like TBP-binding domain
XP_057772905.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 67 157 4.9e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772905.1 Pfam PF00382 TFIIB Domain 169 259 4.9e-31 107.3 Transcription factor TFIIB repeat
XP_057772905.1 Pfam PF07741 BRF1 Domain 402 527 7e-24 84.8 Brf1-like TBP-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916921.1
CATTAAAAGTTGAAATTCTCTAGTAAAAAACGTAGAGCAACTCCAACACTCAAAAACCCATCGCCAAAATATTTGTTCATAACAGATCTTTTCAAACCGCCACCAGCTCCTCGCCGTTATTGGATTCCCCTTCCAATTGCGCCGCCTCGGGAGTGAAATTATTAGCATCCGCTGAATTCTTGTGATAATCCGCCCCCTTCAAGTGAGGGGCTGCGATGCCACTGTGGTGTGCTTCCTGTGCGAAATATGTTGGGACTGAT...
XM_057916919.1
CATTAAAAGTTGAAATTCTCTAGTAAAAAACGTAGAGCAACTCCAACACTCAAAAACCCATCGCCAAAATATTTGTTCATAACAGATCTTTTCAAACCGCCACCAGCTCCTCGCCGTTATTGGATTCCCCTTCCAATTGCGCCGCCTCGGGAGTGAAATTATTAGCATCCGCTGAATTCTTGTGATAATCCGCCCCCTTCAAGTGAGGGGCTGCGATGCCACTGTGGTGTGCTTCCTGTGCGAAATATGTTGGGACTGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130992329
ATGCCACTGTGGTGTGCTTCCTGTGCGAAATATGTTGGGACTGATAACCTTGACGGCAGAACATGCTGTAAGCTTTGCGGGAGGGTTCTTAGTGAGGATTTCTTTTCGGAGGATGCTACATTTGTGAAAACAGCTGATGGACAGGCGCGAAGGGCAGGTTGTCTTGTGAGGTCCATGCAAGATACTTCTGAATCTACCCAGAGGACACTGGACGAAGCGTATTATGGAATAAACAGTATGATGTCTGCCTTGGATATTGA...
LOC130992329
ATGCCACTGTGGTGTGCTTCCTGTGCGAAATATGTTGGGACTGATAACCTTGACGGCAGAACATGCTGTAAGCTTTGCGGGAGGGTTCTTAGTGAGGATTTCTTTTCGGAGGATGCTACATTTGTGAAAACAGCTGATGGACAGGCGCGAAGGGCAGGTTGTCTTGTGAGGTCCATGCAAGATACTTCTGAATCTACCCAGAGGACACTGGACGAAGCGTATTATGGAATAAACAGTATGATGTCTGCCTTGGATATTGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057772901.1
MPLWCASCAKYVGTDNLDGRTCCKLCGRVLSEDFFSEDATFVKTADGQARRAGCLVRSMQDTSESTQRTLDEAYYGINSMMSALDIDGGEHKANIALNLYKVALIRNFTRGRRKEQVQAACLYIMCRMQKKPYLLIDFSEHLRINVYVLGAVFLQLCKVLRLEENPLIQNLVDPSLFIHRFADRLFKRRDQNVSKTALLIVASMKRDWMQTGRKPSGLCGAALYISALAHGLVCSKSEIIKAVHICEATLTKRLIEFENT...
XP_057772902.1
MPLWCASCAKYVGTDNLDGRTCCKLCGRVLSEDFFSEDATFVKTADGQARRAGCLVRSMQDTSESTQRTLDEAYYGINSMMSALDIDGGEHKANIALNLYKVALIRNFTRGRRKEQVQAACLYIMCRMQKKPYLLIDFSEHLRINVYVLGAVFLQLCKVLRLEENPLIQNLVDPSLFIHRFADRLFKRRDQNVSKTALLIVASMKRDWMQTGRKPSGLCGAALYISALAHGLVCSKSEIIKAVHICEATLTKRLIEFENT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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