Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001158`

染色体: Chr07 坐标: 8670695-8672851 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001158`
名称	SmilChr07G001158
描述	putative Peroxidase 48
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8670695 - 8672851 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992334`
GeneID	`130992334`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992334`
原始查询	`SmilChr07G001158`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative Peroxidase 48
产物	putative Peroxidase 48
Arabidopsis	`AT4G33870` (AT4G33870) Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829530] identity=48.8; qcov=0.897; evalue=9.3e-108; confidence=high
Rice	`Os01g0712800` (prx18) - identity=49.5; qcov=0.868; evalue=4.1e-95; confidence=high
GO	GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGG	smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00141 (peroxidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057772912.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057772912.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057772912.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772912.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772912.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8671039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr7:8671055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C4,D11
`Chr7:8671168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr7:8671974`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr7:8672620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B57,B71,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772912.1

370 aa

185

370

peroxidase

PF00141 peroxidase 71-334 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772912.1`	Pfam	`PF00141`	peroxidase	Domain	71	334	4.1e-72	243.5	Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916929.1
CACTCTCTCACACGCACAACTCACACTGAGAGAGGAGATTTTCTTCATGGATCTCACGAAGAAACTGAGCATTTTGGTTTTTTTGTTGTGCGTTCTGATCTCGTTGAAGAATCAGAAAGCTGCAACTGATTCGCGTTCGGTTCTCGAAGATCGGCGTAATCTCGGAGAAGATGAGTCTCACTCTGATGCTGGAGCTCAGGAGCGGCTTAGATATGACTACTACAGCGAATCGTGTCCATCAGCTGAGAAGATAATACGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992334
ATGGATCTCACGAAGAAACTGAGCATTTTGGTTTTTTTGTTGTGCGTTCTGATCTCGTTGAAGAATCAGAAAGCTGCAACTGATTCGCGTTCGGTTCTCGAAGATCGGCGTAATCTCGGAGAAGATGAGTCTCACTCTGATGCTGGAGCTCAGGAGCGGCTTAGATATGACTACTACAGCGAATCGTGTCCATCAGCTGAGAAGATAATACGATCAACGGTCAGAGAATTGCACCAGATGAAGAATGTTGGTCCTGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772912.1
MDLTKKLSILVFLLCVLISLKNQKAATDSRSVLEDRRNLGEDESHSDAGAQERLRYDYYSESCPSAEKIIRSTVRELHQMKNVGPALLRLAFHDCFVMGCDASILLDSDGEMKSEKEAAPNQSIKGFEQIDIIKSRLEQECPGVVSCADIVVLSAREGVLLAGGQFYPVLTGRSDRRTAFPLNAATDLPSPNSSLLDALHSFAAKGFDARETVALLGAHSTGMVHCNFIRNRLFNFNKTNEPDPSMNAEFVEVLRSQCSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器