当前解析结果
SmilChr07G001160| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001160 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001160 |
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8682558 - 8684220 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992335 |
|---|---|
| GeneID | 130992335 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992335 |
| 原始查询 | SmilChr07G001160 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 产物 | acetylajmalan esterase-like |
| Arabidopsis | AT1G28590 (AT1G28590)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759] identity=38.3; qcov=0.824; evalue=2.03e-59; confidence=medium |
| Rice | Os11g0521000 (OsGELP111)- identity=40.4; qcov=0.841; evalue=1.44e-74; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992335 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057772913.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057772913.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772913.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772913.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772913.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8682634 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B119,B91,C14,C19,C46,C74 |
Chr7:8682638 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B119,B91,C14,C19,C46,C74 |
Chr7:8682676 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B115,B41,B50,C38 |
Chr7:8682692 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:8682701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,B50 |
Chr7:8682869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B18,B97,C53,D1 |
Chr7:8682883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr7:8682885 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,B82 |
Chr7:8682911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:8682947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,B82 |
Chr7:8682950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B87,C20 |
Chr7:8682953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772913.1PF00657
Lipase_GDSL 82-394 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772913.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 82 | 394 | 7.5e-19 | 69.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。