Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001162`

染色体: Chr07 坐标: 8690311-8695450 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001162`
名称	SmilChr07G001162
描述	uncharacterized SmilChr07G001162
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8690311 - 8695450 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992337`
GeneID	`130992337`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992337`
原始查询	`SmilChr07G001162`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820808]; symbol=AT3G15650; hit=AT3G15650; species=arabidopsis; confidence=high
产物	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820808]; symbol=AT3G15650; hit=AT3G15650; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G15650` (AT3G15650) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820808] identity=72; qcov=1.08; evalue=1.27e-136; confidence=high
Rice	`Os01g0175000` - identity=74.2; qcov=0.963; evalue=3.58e-135; confidence=high
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02230 (Abhydrolase_2); PF03959 (FSH1); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057772915.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057772915.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057772915.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772915.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772915.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8690660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,B16
`Chr7:8690679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:8690688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772915.1

245 aa

122

245

Abhydrolase_2

Abhydrolase_6

FSH1

PF02230 Abhydrolase_2 18-240 aa PF12697 Abhydrolase_6 30-162 aa PF03959 FSH1 73-207 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772915.1`	Pfam	`PF02230`	Abhydrolase_2	Domain	18	240	7.1e-41	141.1	Phospholipase/Carboxylesterase
`XP_057772915.1`	Pfam	`PF12697`	Abhydrolase_6	Domain	30	162	7.9e-06	27.4	Alpha/beta hydrolase family
`XP_057772915.1`	Pfam	`PF03959`	FSH1	Domain	73	207	1.6e-08	35.2	Serine hydrolase (FSH1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916932.1
CAAATAAAACCAGCTAATTGTACAGGCAAAGTGACATAAACAGTACGATAATGCCCTGTTGCAGTCACAGGATGCCATGCAAGAAAAGCTCCCGTTTTGGACTTTTATCACTACAAACAAATTAAACTTCAAACTATATATCTACATTATTCTTTTGAGTTGGACTAAAAATATATATATAATTCATAGATATACTTCATCTGTTTCCAAAATAAGTGTCATCAACCATCAAAAAGCATATATCAGAAAAAATTAGTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992337
ATGGGCTCTGGGAGTAGAACAGCTAGAAGGAACGTTGAGTTTGGGAGGACTTATGTGGTTAAGCCTAAAGGGAAACACCAGGCTACCATAGTCTGGCTGCATGGCCTTGGTGACAATGGCTCAAGTTGGTCGCAACTTTTGGAAAGTCTTCCCCTTCCGAATATAAAATGGATATGCCCCACCGCTCCAACGCGCCCTGTGGCTATACTCGGTGGATTTCCCTGCACTGCTTGGTTTGATGTTGGCGAGCTTTCTGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772915.1
MGSGSRTARRNVEFGRTYVVKPKGKHQATIVWLHGLGDNGSSWSQLLESLPLPNIKWICPTAPTRPVAILGGFPCTAWFDVGELSEDCPDDFEGLDASAAHIANLLSTEPADIKLGIGGFSMGAATALYSATCFAHGNYGNGYPYTVNLRAIVGLSGWLPGARSLRNKIEGTHDAARRAASLPILLSHGLCDEVVPHKHGEKSYHALNLAGFRNLSFKTYEGIGHYTVPKEMDEVCNWLNSRLGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器