Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001176`

染色体: Chr07 坐标: 8897797-8900277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001176`
名称	SmilChr07G001176
描述	root phototropism protein 3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8897797 - 8900277 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992353`
GeneID	`130992353`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992353`
原始查询	`SmilChr07G001176`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	root phototropism protein 3
产物	root phototropism protein 3
Arabidopsis	`AT3G15570` (AT3G15570) Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820797] identity=49.6; qcov=1.13; evalue=1.27e-120; confidence=high
Rice	`Os05g0178000` - identity=39.3; qcov=0.979; evalue=1.18e-55; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03000 (NPH3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772939.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057772939.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772939.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772939.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772939.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8898067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr7:8898284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B115,B131,B53,C33
`Chr7:8898305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B123,B140,B3,C73,D2
`Chr7:8898306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,C24,C29,C5,C83
`Chr7:8898328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B53,C16
`Chr7:8898345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C24,C29,C41
`Chr7:8898347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr7:8898353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B37,B54,C13,C36
`Chr7:8898382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B86,D11
`Chr7:8898391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,B5,C24
`Chr7:8898406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr7:8898414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772939.1

374 aa

187

374

NPH3

PF03000 NPH3 18-244 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772939.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	18	244	7.6e-67	226.4	NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916956.1
CCACTTGCCTCATCCTCTCTTCACAACTCTAACCAAACCCCAATCATCACGTATAATAATATAATTAGCATACTGCATACATAGTTTTGTAATAACAAGATAAGTCGAAGGTCTCATGCACATTCAAATTTATAGTCACGTAATCTTTAATTTTATTTGTTCAATAAAAAATCATAATACTATATAGTCCCATTATTTATCCGCCTACACAGAGCATTTCAAGTTCATCTTCTGAAAGAAAATGCAGTCGAGCCCATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992353
ATGCAGTCGAGCCCATATTCCGGCAAGCCGGCGGATGAATGCGGGTCCGACGAGGCCTCCGCTTCCGACACCGACAATTTCGTCAAGGCTCTGACGCGAATCCGAGGGAAGGGAGTTAGGCCCGACCTCATCGGCTCAATCATCACACATTACGCTTACAAGCGCCTCCCCGACTTAGCCGGCGACGACGTTCAAAGGCAAAGCGCCGACGGCGAGGCATCATGGCGGATGAAGAGGTGCTTCATCGAGACTCTGGTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772939.1
MQSSPYSGKPADECGSDEASASDTDNFVKALTRIRGKGVRPDLIGSIITHYAYKRLPDLAGDDVQRQSADGEASWRMKRCFIETLVGILPPEKDSVPCSFLLRAARVAGVVGAEAGCREEIERRVSRQLDEAPLKELMMVDSEVVVRLVRRFMNEEEVCRSGAALKKVARLVDGYLAEAAVDPHLTLPQFVALATALPCHARATDDGVYRAIDIYLKAHPGLSKQERKRLCMLIESRKLSTEACLHASQNERLPVRAVIQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器