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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001185

染色体: Chr07 坐标: 9012303-9018089 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001185
名称SmilChr07G001185
描述uncharacterized SmilChr07G001185
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9012303 - 9018089 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992363
GeneID130992363
locus_tag-
NCBI NameLOC130992363
原始查询SmilChr07G001185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PII, uridylyltransferase (DUF2921) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841711]; symbol=AT1G52780; hit=AT1G52780; species=arabidopsis; confidence=high
产物PII, uridylyltransferase (DUF2921) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841711]; symbol=AT1G52780; hit=AT1G52780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G52780 (AT1G52780)
PII, uridylyltransferase (DUF2921) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841711]
identity=56.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0176800
-
identity=50; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF11145 (DUF2921); PF25333 (DUF2921_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057772944.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057772944.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057772946.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772944.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772944.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9012703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,C1,C37
Chr7:9012849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,C1,C37
Chr7:9012905 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 87 A10,A13,A15,A18,A22,A23,A24,A3,A5,A6,A9,B10,B100,B102,B105,B107,B11,B111,B113,B118,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B19,B23,B24,B27,B28,B30,B33,B4,B45,B48,B54,B56,B62,B65,B67,B68,B70,B73,B74,B76,B77,B82,B84,B87,B88,B89,B9,B91,B96,C14,C15,C18,C2,C21,C32,C34,C38,C39,C4,C40,C45,C5,C55,C58,C61,C62,C68,C70,C71,C72,C75,C79,C80,C81,C84,C85,D5,D8
Chr7:9012934 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B34,C53,D5
Chr7:9012934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C53,D5
Chr7:9012939 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 229 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D8,D9
Chr7:9012957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr7:9012998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82
Chr7:9013006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B35
Chr7:9013052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:9013073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:9013080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A2,B112,B12,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772944.1
1056 aa
N
1
528
1056
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921
C
PF25333 DUF2921_N 52-266 aa PF25333 DUF2921_N 285-470 aa PF25333 DUF2921_N 508-706 aa PF11145 DUF2921 719-1006 aa
XP_057772945.1
1056 aa
N
1
528
1056
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921
C
PF25333 DUF2921_N 52-266 aa PF25333 DUF2921_N 285-470 aa PF25333 DUF2921_N 508-706 aa PF11145 DUF2921 719-1006 aa
XP_057772946.1
958 aa
N
1
479
958
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921_N
DUF2921
C
PF25333 DUF2921_N 13-168 aa PF25333 DUF2921_N 187-372 aa PF25333 DUF2921_N 410-608 aa PF11145 DUF2921 621-908 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772944.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 52 266 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772944.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 285 470 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772944.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 508 706 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772944.1 Pfam PF11145 DUF2921 Repeat 719 1006 5.2e-63 213.5 Transmembrane E3 ligase/DUF2921 transmembrane domain
XP_057772945.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 52 266 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772945.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 285 470 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772945.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 508 706 1.9e-105 352.3 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772945.1 Pfam PF11145 DUF2921 Repeat 719 1006 5.2e-63 213.5 Transmembrane E3 ligase/DUF2921 transmembrane domain
XP_057772946.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 13 168 9.6e-101 336.9 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772946.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 187 372 9.6e-101 336.9 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772946.1 Pfam PF25333 DUF2921_N Domain 410 608 9.6e-101 336.9 DUF2921 lipocalin-like domain
XP_057772946.1 Pfam PF11145 DUF2921 Repeat 621 908 4.4e-63 213.8 Transmembrane E3 ligase/DUF2921 transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916962.1
TTTTGATTTTAGTTAGTAAATGAGCATTTTCTGTCGGAATTGTGTTGCCTTGACTTGAACTCCACACTTTTCTCAATCTTGATCCTAACCAATCTTTGGTTCACTTACAAAAATCTTCACCAACTAAAGATCTTCAGCTTCAAACCTCTTTTATTTTTCATTTTGAACTCATTTTCAATAAAATGAGTTCACTTCTGTAGCGACGACGAGTGTAGAAAAGCTTGCACTGGTGGTAAGTCTTGCAATCTCGGAATTTAGCA...
XM_057916961.1
TTTGATTTTAGTTAGTAAATGAGCATTTTCTGTCGGAATTGTGTTGCCTTGACTTGAACTCCACACTTTTCTCAATCTTGATCCTAACCAATCTTTGGTTCACTTACAAAAATCTTCACCAACTAAAGATCTTCAGCTTCAAACCTCTTTTATTTTTCATTTTGAACTCATTTTCAATAAAATGAGTTCACTTCTGTAGCGACGACGAGTGTAGAAAAGCTTGCACTGGTGGTAAGTCTTGCAATCTCGGAATTTAGCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992363
ATGATGCGTTCTGTTTCTGCATCTTGGACTCTACTCGGGTTTTGGGTGATTTTATGTTTTGGGTTTTCGAATTCATACTACACGGGTAAAGGGAATTTTGAAGATAGAGGAAGTAAGCATTCTGTGAGCTACAACTATGACAGGATTGGTGAGGTCAATAAAGCTTGTGCATTTGTCTTGAAATCTGCTGCTGATTTAAAACCTGATGATAGTCGTTTGTATACGATAAAAGAGGAGATCTCTTTCTTGAACGGAAATTG...
LOC130992363
ATGATGCGTTCTGTTTCTGCATCTTGGACTCTACTCGGGTTTTGGGTGATTTTATGTTTTGGGTTTTCGAATTCATACTACACGGGTAAAGGGAATTTTGAAGATAGAGGAAGTAAGCATTCTGTGAGCTACAACTATGACAGGATTGGTGAGGTCAATAAAGCTTGTGCATTTGTCTTGAAATCTGCTGCTGATTTAAAACCTGATGATAGTCGTTTGTATACGATAAAAGAGGAGATCTCTTTCTTGAACGGAAATTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772944.1
MMRSVSASWTLLGFWVILCFGFSNSYYTGKGNFEDRGSKHSVSYNYDRIGEVNKACAFVLKSAADLKPDDSRLYTIKEEISFLNGNWWQELNEGGAPLMPFDDREASADLRSPINLVSFWVTDVGRRLHSKNSILVSGILQMGVTLEGLLSEKPFEGSPRFDIWPGHSQLSLLFQGIYTESGGNDGERVMCLLGSAVLPSRQPDSGDPWGWVKESGYTNQPLLTQDDQIVLVLRYPKMVTLRSRAVHGSMRSLNPKSNLK...
XP_057772945.1
MMRSVSASWTLLGFWVILCFGFSNSYYTGKGNFEDRGSKHSVSYNYDRIGEVNKACAFVLKSAADLKPDDSRLYTIKEEISFLNGNWWQELNEGGAPLMPFDDREASADLRSPINLVSFWVTDVGRRLHSKNSILVSGILQMGVTLEGLLSEKPFEGSPRFDIWPGHSQLSLLFQGIYTESGGNDGERVMCLLGSAVLPSRQPDSGDPWGWVKESGYTNQPLLTQDDQIVLVLRYPKMVTLRSRAVHGSMRSLNPKSNLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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