当前解析结果
SmilChr07G001186| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001186 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001186 |
| 描述 | deoxypodophyllotoxin synthase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9017668 - 9018883 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993783 |
|---|---|
| GeneID | 130993783 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993783 |
| 原始查询 | SmilChr07G001186 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | deoxypodophyllotoxin synthase-like |
| 产物 | deoxypodophyllotoxin synthase-like |
| Arabidopsis | AT1G52800 (AT1G52800)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841713] identity=35.2; qcov=1.02; evalue=3.43e-44; confidence=medium |
| Rice | Os08g0417100- identity=25.7; qcov=1; evalue=9.32e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993783 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057774804.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057774804.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774804.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774804.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774804.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9017676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B62,B65,B8 |
Chr7:9017711 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B35 |
Chr7:9017737 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,D6 |
Chr7:9017859 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | A18,B1,B101,B121,B21,B48,B72,B90,B92,B93,C21,C23,C25,C26,C30,C33,C34,C37,C42,C46 |
Chr7:9017897 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B135 |
Chr7:9017911 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr7:9017991 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B3,B77,C39 |
Chr7:9018077 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr7:9018077 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:9018089 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:9018102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr7:9018153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B3,B77,B78,C39 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。