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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001186

染色体: Chr07 坐标: 9017668-9018883 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001186
名称SmilChr07G001186
描述deoxypodophyllotoxin synthase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9017668 - 9018883 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993783
GeneID130993783
locus_tag-
NCBI NameLOC130993783
原始查询SmilChr07G001186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述deoxypodophyllotoxin synthase-like
产物deoxypodophyllotoxin synthase-like
ArabidopsisAT1G52800 (AT1G52800)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841713]
identity=35.2; qcov=1.02; evalue=3.43e-44; confidence=medium
RiceOs08g0417100
-
identity=25.7; qcov=1; evalue=9.32e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993783

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774804.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057774804.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774804.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774804.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774804.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9017676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,B65,B8
Chr7:9017711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B35
Chr7:9017737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D6
Chr7:9017859 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A18,B1,B101,B121,B21,B48,B72,B90,B92,B93,C21,C23,C25,C26,C30,C33,C34,C37,C42,C46
Chr7:9017897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B135
Chr7:9017911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:9017991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B3,B77,C39
Chr7:9018077 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr7:9018077 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr7:9018089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:9018102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr7:9018153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B3,B77,B78,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918821.1
ATGGGATCGGAGACAGTACACAAACTTGGTGTGATAGAATTCACAGACAAGAACACAAACCCTGAGACAGAATCATGGTGGGAGACATGCAATTTGCAAAAAGCTATTCGATCTCCCAACTCAAACAGAGGTCCAAAACAAGTCCTCTACGGCTACGTCGGCCAAATCCCCTTCCTTCCTCTCTACACCATCCAAGTAATCCAAAATTTCTCTAACGTCATGTGGCATATCGGAAACCCCGCTTTCGATGAAAATCTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993783
ATGGGATCGGAGACAGTACACAAACTTGGTGTGATAGAATTCACAGACAAGAACACAAACCCTGAGACAGAATCATGGTGGGAGACATGCAATTTGCAAAAAGCTATTCGATCTCCCAACTCAAACAGAGGTCCAAAACAAGTCCTCTACGGCTACGTCGGCCAAATCCCCTTCCTTCCTCTCTACACCATCCAAGTAATCCAAAATTTCTCTAACGTCATGTGGCATATCGGAAACCCCGCTTTCGATGAAAATCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774804.1
MGSETVHKLGVIEFTDKNTNPETESWWETCNLQKAIRSPNSNRGPKQVLYGYVGQIPFLPLYTIQVIQNFSNVMWHIGNPAFDENLVVYTKLAAEVERIAVRMVCESYGVGKYYDSYVESANYLCRTKVLCQLSIKIKLMVSRLKPKMVNGSQFITSLPPPSSSWLAWSNKRIKSPHHRVTMEGNEARYSIAQFSFMEKDMVATPDEFVDQDHPQQYKPFDHLKFLDFFSQEENRKLESAITTYCGVSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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