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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001191

染色体: Chr07 坐标: 9052013-9053467 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001191
名称SmilChr07G001191
描述probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9052013 - 9053467 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992369
GeneID130992369
locus_tag-
NCBI NameLOC130992369
原始查询SmilChr07G001191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
产物probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
ArabidopsisAT1G52800 (AT1G52800)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841713]
identity=45.1; qcov=1; evalue=8.59e-104; confidence=high
RiceOs08g0417100
-
identity=32.2; qcov=0.959; evalue=7.06e-51; confidence=low
GOGO:0051213 (dioxygenase activity)
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992369

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772950.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772950.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057772950.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772950.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772950.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9052397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C3
Chr7:9052438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:9052461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82
Chr7:9052462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:9052498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:9052503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B69
Chr7:9052509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:9052581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B19
Chr7:9052818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:9052906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:9053133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:9053197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C35,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772950.1
314 aa
N
1
157
314
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 10-88 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 171-262 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772950.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 10 88 9.4e-08 33.4 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057772950.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 171 262 4.3e-20 72.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916967.1
ATCAAATTAAAGATTTGATAGAATATTCAAATATGATAGGTTGTAAATGGAACAAGAAAGAGAAGAGTACAGATTAATATATTTATTCCATTAATCATGCAACCCCATGATCAAAATAATAATTGTGCCTTGTGATACTTTTTCAAACCTTAAGCAAGAAGACTCCAAAACTGCAACTACTAGCCCTCTCATCCTTTATCTTCAACCACGTACAAATTGATTAAACCAAAAATATTTGAAAACCAAAATAGTTTGATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992369
ATGGGTTGTTTGGCAAATCAAACAGTACTTCCCACAATAAGCTTTTCGGAGCAAAATCTAGAGGTAGGATCGTCTTCTTGGTTGTCCACCAGCAAAGATGTGGTTGCTGCACTCGAAGAATTCGGTTGTTTCAACGCTACCTACAGCAATTTCTCCCCCCAATTGCACCACGCAATCTTCGGAGCTTCCGAGGAACTCTTCGATCTTCCAACTCATGTCAAAATGCTCAACACTTCCGACACACCTACTCATGGCTACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772950.1
MGCLANQTVLPTISFSEQNLEVGSSSWLSTSKDVVAALEEFGCFNATYSNFSPQLHHAIFGASEELFDLPTHVKMLNTSDTPTHGYVGQIAAIPLYEGLGIENATTQDGVTKFTHLLWPSGNETFRETALEYSKVVAELDKVVMRMVAEVYGIRSAYESLVETTSYLLKLIKYRPPAKDEAGLGIVPHTDKSFTSILHQRLVKGLQIMTKAGDWIGVDPSPSAFVFMAGDACMAFTNGRIEPSKHRVIIDGSEERYSLGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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