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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001192

染色体: Chr07 坐标: 9055048-9071046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001192
名称SmilChr07G001192
描述uncharacterized SmilChr07G001192
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9055048 - 9071046 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992371
GeneID130992371
locus_tag-
NCBI NameLOC130992371
原始查询SmilChr07G001192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816732]; symbol=AT2G21960; hit=AT2G21960; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816732]; symbol=AT2G21960; hit=AT2G21960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G21960 (AT2G21960)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816732]
identity=84.4; qcov=0.871; evalue=4e-81; confidence=high
RiceOs09g0436500 (OJ1238_G07.17-1)
-
identity=60.9; qcov=0.89; evalue=4.24e-54; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057772953.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057772953.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057772953.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057772953.1
5 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057772953.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9055565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:9055590 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A19,B102,B105,B109,B11,B137,B20,B51,B6,B64,B81,C24,C26,C35,C44
Chr7:9055729 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr7:9055729 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr7:9055733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr7:9055754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B3,B81,C41,C46
Chr7:9055767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:9055769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,C81
Chr7:9055792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C24,C35
Chr7:9055960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C87
Chr7:9055981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B136,C46,C87
Chr7:9056189 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916970.1
GCAGCCGTCCTTTTAGAATGTTCACGAGCTTGTTAATTAAAGATAGTGATGGAGTGAGAGAGGCACTTGATCAGTTGAGGGAAATTGGTTGGGCCAAAAAATGGAGTTCTCAACCATATATATCTCGTCGTACAACATCTCTCCGAGAGCTGACAACTTTAGGTCTGAAGAACGCGGAGGAGCTTGTTATACCTAGCACCAGAAACGACGCAGCTTTTCTCTTTACTGTGGTTGGCTCAACTGGATTTTTGGGTATTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992371
ATGTTCACGAGCTTGTTAATTAAAGATAGTGATGGAGTGAGAGAGGCACTTGATCAGTTGAGGGAAATTGGTTGGGCCAAAAAATGGAGTTCTCAACCATATATATCTCGTCGTACAACATCTCTCCGAGAGCTGACAACTTTAGGTCTGAAGAACGCGGAGGAGCTTGTTATACCTAGCACCAGAAACGACGCAGCTTTTCTCTTTACTGTGGTTGGCTCAACTGGATTTTTGGGTATTCTTGCTGGCCAGCTTCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772953.1
MFTSLLIKDSDGVREALDQLREIGWAKKWSSQPYISRRTTSLRELTTLGLKNAEELVIPSTRNDAAFLFTVVGSTGFLGILAGQLHGDWGFFVPYLVGSISLLVLAIGSISPGLLQAAIGGFSSFFPDYKERIARHEAAHFLGGGTRNCCRDGPI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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