当前解析结果
SmilChr07G001194| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001194 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001194 |
| 描述 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9072775 - 9073116 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130993784 |
|---|---|
| GeneID | 130993784 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993784 |
| 原始查询 | SmilChr07G001194 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP3-like |
| 产物 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP3-like |
| Arabidopsis | AT1G52800 (AT1G52800)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841713] identity=38.9; qcov=0.796; evalue=6.57e-14; confidence=low |
| Rice | Os08g0417100- identity=34.4; qcov=0.85; evalue=1.85e-09; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993784 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057774805.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057774805.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774805.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774805.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774805.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9072855 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C2,C65 |
Chr7:9072907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774805.1PF14226
DIOX_N 16-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774805.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 16 | 77 | 1.1e-06 | 30.0 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。