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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001208

染色体: Chr07 坐标: 9224097-9231145 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001208
名称SmilChr07G001208
描述DNA-repair protein XRCC1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9224097 - 9231145 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992385
GeneID130992385
locus_tag-
NCBI NameLOC130992385
原始查询SmilChr07G001208

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-repair protein XRCC1
产物DNA-repair protein XRCC1
ArabidopsisAT1G80420 (ATXRCC1)
BRCT domain-containing DNA repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844382]
identity=48.3; qcov=1.02; evalue=2.4e-109; confidence=high
RiceOs06g0144000 (OsXRCC1)
-
identity=50.6; qcov=1; evalue=5.45e-110; confidence=high
GOGO:0000012 (single strand break repair); GO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0006284 (base-excision repair); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining)
KEGGsmil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00533 (BRCT); PF12738 (PTCB-BRCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992385

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772973.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057772973.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057772973.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772973.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9224292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:9224349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,B65,C46,C85
Chr7:9224529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr7:9224535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:9224552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:9224593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:9228408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:9230398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B136
Chr7:9230406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,C10,C42,C60,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772973.1
352 aa
N
1
176
352
BRCT
PTCB-BRCT
C
PF00533 BRCT 57-130 aa PF12738 PTCB-BRCT 65-125 aa
XP_057772974.1
352 aa
N
1
176
352
BRCT
PTCB-BRCT
C
PF00533 BRCT 57-130 aa PF12738 PTCB-BRCT 65-125 aa
XP_057772975.1
352 aa
N
1
176
352
BRCT
PTCB-BRCT
C
PF00533 BRCT 57-130 aa PF12738 PTCB-BRCT 65-125 aa
XP_057772976.1
352 aa
N
1
176
352
BRCT
PTCB-BRCT
C
PF00533 BRCT 57-130 aa PF12738 PTCB-BRCT 65-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772973.1 Pfam PF00533 BRCT Domain 57 130 8.8e-10 39.4 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
XP_057772973.1 Pfam PF12738 PTCB-BRCT Domain 65 125 2.9e-08 34.3 twin BRCT domain
XP_057772974.1 Pfam PF00533 BRCT Domain 57 130 8.8e-10 39.4 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
XP_057772974.1 Pfam PF12738 PTCB-BRCT Domain 65 125 2.9e-08 34.3 twin BRCT domain
XP_057772975.1 Pfam PF00533 BRCT Domain 57 130 8.8e-10 39.4 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
XP_057772975.1 Pfam PF12738 PTCB-BRCT Domain 65 125 2.9e-08 34.3 twin BRCT domain
XP_057772976.1 Pfam PF00533 BRCT Domain 57 130 8.8e-10 39.4 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
XP_057772976.1 Pfam PF12738 PTCB-BRCT Domain 65 125 2.9e-08 34.3 twin BRCT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916991.1
AATACTTCACTCTCTTGGAGTCTTGATTCCTTCACAATTTGAGCTTGCTAATGCAAAAAAAGATTGTAAATTGAGGTGGTATAGTGGTTGGAGTGAGGGAGGAGCTTTTGGCCACACACTATAATGTCTGAATCAAACTCAAGAAAAAGGAATTTGCCTTCGTGGATGAGTTCCAGAGAAGAGGAAAGTGATGAAAATGAAAAATCTAAACAATTAACAAATCGTGGAAAGTCTAAGAAGGACCAAAATGGGGAAGACAA...
XM_057916992.1
ACTCTCTTGGAGTCTTGATTCCTTCACAATTTGAGCTTGCTAATGCAAAAAAAGTTCAGCTTTTGGGGTCAAAGAATCTTTAATCCATCAAAATGGGGTTCTGTCGCTATGATTACTCGTCGTGCATGCAGATTGTAAATTGAGGTGGTATAGTGGTTGGAGTGAGGGAGGAGCTTTTGGCCACACACTATAATGTCTGAATCAAACTCAAGAAAAAGGAATTTGCCTTCGTGGATGAGTTCCAGAGAAGAGGAAAGTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992385
ATGTCTGAATCAAACTCAAGAAAAAGGAATTTGCCTTCGTGGATGAGTTCCAGAGAAGAGGAAAGTGATGAAAATGAAAAATCTAAACAATTAACAAATCGTGGAAAGTCTAAGAAGGACCAAAATGGGGAAGACAAAACTGCTACCGGCTCAGGCACCTCAGATTTCTCAATTTTGATGGAAGGGGTGACATTTGTTCTATCTGGGTTTGTGAATCCGGAACGCGGTGTTTTGAGGTCGCAGATGCTGGAGATGGGGGC...
LOC130992385
ATGTCTGAATCAAACTCAAGAAAAAGGAATTTGCCTTCGTGGATGAGTTCCAGAGAAGAGGAAAGTGATGAAAATGAAAAATCTAAACAATTAACAAATCGTGGAAAGTCTAAGAAGGACCAAAATGGGGAAGACAAAACTGCTACCGGCTCAGGCACCTCAGATTTCTCAATTTTGATGGAAGGGGTGACATTTGTTCTATCTGGGTTTGTGAATCCGGAACGCGGTGTTTTGAGGTCGCAGATGCTGGAGATGGGGGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772973.1
MSESNSRKRNLPSWMSSREEESDENEKSKQLTNRGKSKKDQNGEDKTATGSGTSDFSILMEGVTFVLSGFVNPERGVLRSQMLEMGAEYQPDWNSNCTLLVCAFSNTPKFRQVKADGGTIISKDWISDCYVQRKLVDIEPFLLHAGKPWRRQCISHEARKEPSSSTKYSKQEETGLHSKKATGSSKMKGSFSPAKAKKWAVEDLKRTISWLENQEEKPGPSEIKKIAAEGILTCLQDAIDALKQGQGVHHVTEQWACLPR...
XP_057772974.1
MSESNSRKRNLPSWMSSREEESDENEKSKQLTNRGKSKKDQNGEDKTATGSGTSDFSILMEGVTFVLSGFVNPERGVLRSQMLEMGAEYQPDWNSNCTLLVCAFSNTPKFRQVKADGGTIISKDWISDCYVQRKLVDIEPFLLHAGKPWRRQCISHEARKEPSSSTKYSKQEETGLHSKKATGSSKMKGSFSPAKAKKWAVEDLKRTISWLENQEEKPGPSEIKKIAAEGILTCLQDAIDALKQGQGVHHVTEQWACLPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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