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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001209

染色体: Chr07 坐标: 9233647-9238416 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001209
名称SmilChr07G001209
描述centromere protein C
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9233647 - 9238416 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992386
GeneID130992386
locus_tag-
NCBI NameLOC130992386
原始查询SmilChr07G001209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述centromere protein C
产物centromere protein C
ArabidopsisAT1G15660 (CENP-C)
centromere protein C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838135]
identity=55.7; qcov=0.115; evalue=7.74e-21; confidence=weak
RiceOs01g0617700 (CENP-C)
-
identity=46.5; qcov=0.112; evalue=2.57e-15; confidence=weak
GOGO:0000776 (kinetochore); GO:0019237 (centromeric DNA binding); GO:0051315 (attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore); GO:0051382 (kinetochore assembly); GO:0051455 (spindle attachment to meiosis I kinetochore)
KEGG-
PfamPF28563 (CENPC_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772978.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057772978.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057772978.1
4 Spindle Spindle 0.20000 XP_057772978.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772978.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9233818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B100,B114,B121,C42
Chr7:9233827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C51
Chr7:9233892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B1,B68,C2
Chr7:9234635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C46,C85
Chr7:9235214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr7:9235261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:9235675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:9235794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B121,C42
Chr7:9235978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:9236022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:9237201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772978.1
765 aa
N
1
382
765
CENPC_C
C
PF28563 CENPC_C 719-765 aa
XP_057772979.1
765 aa
N
1
382
765
CENPC_C
C
PF28563 CENPC_C 719-765 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772978.1 Pfam PF28563 CENPC_C Domain 719 765 3e-16 59.6 Centromere protein C C-terminal domain
XP_057772979.1 Pfam PF28563 CENPC_C Domain 719 765 3e-16 59.6 Centromere protein C C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916996.1
AACACTTTTCAGTATCCCGCTCTTGCTCTTGCTCTTTGCCTTTCAATCAAAATTCGAAATATATTCCCAACTACCAAAACCCACTTTCTCTCACACACAACACGCACAGAAGCGGGCAGATATGTTGCCAAAGCCGAAGGAGGCGCCCGTCGCCGGCTCAGTCGACCCACTGAGCGGTCTCAGTGGGCTGTCACTCTTTCCGCGCACGATTGGGGCTTCAGCTGACGCTCCGGTGTCCGCCGATCCCAAGGACCTAGATT...
XM_057916995.1
TGCTCTTTGCCTTTCAATCAAAATTCGAAATATATTCCCAACTACCAAAACCCACTTTCTCTCACACACAACACGCACAGAAGCGGGCAGATATGTTGCCAAAGCCGAAGGAGGCGCCCGTCGCCGGCTCAGTCGACCCACTGAGCGGTCTCAGTGGGCTGTCACTCTTTCCGCGCACGATTGGGGCTTCAGCTGACGCTCCGGTGTCCGCCGATCCCAAGGACCTAGATTCCATCCACAATATTATGAAATCTTTGAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992386
ATGTTGCCAAAGCCGAAGGAGGCGCCCGTCGCCGGCTCAGTCGACCCACTGAGCGGTCTCAGTGGGCTGTCACTCTTTCCGCGCACGATTGGGGCTTCAGCTGACGCTCCGGTGTCCGCCGATCCCAAGGACCTAGATTCCATCCACAATATTATGAAATCTTTGAAAGAGTTAAGGAGTCCCGAAAAGCTCATGAGCGAGGCAAAGAAAATTGTGGATGGTGGAGCCAATCTTCTATCTAATTTTTCCAGTTTCGCTGA...
LOC130992386
ATGTTGCCAAAGCCGAAGGAGGCGCCCGTCGCCGGCTCAGTCGACCCACTGAGCGGTCTCAGTGGGCTGTCACTCTTTCCGCGCACGATTGGGGCTTCAGCTGACGCTCCGGTGTCCGCCGATCCCAAGGACCTAGATTCCATCCACAATATTATGAAATCTTTGAAAGAGTTAAGGAGTCCCGAAAAGCTCATGAGCGAGGCAAAGAAAATTGTGGATGGTGGAGCCAATCTTCTATCTAATTTTTCCAGTTTCGCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772978.1
MLPKPKEAPVAGSVDPLSGLSGLSLFPRTIGASADAPVSADPKDLDSIHNIMKSLKELRSPEKLMSEAKKIVDGGANLLSNFSSFAENVSITYDIAAKAKDRPQEKRPGLGLARKKASFSLKTSSSHPPVNLEPTLDIDRLEDPDAFFDAYERIENAKKEIQKQTGVGGNNINLYKPSNNERRRRPGILGKSYNYKHRYSSTPSENDDMWMSSQETVHQDIPSPPNDVLHKKLIDPDPNLSDVEEIELAESMKKTESRVN...
XP_057772979.1
MLPKPKEAPVAGSVDPLSGLSGLSLFPRTIGASADAPVSADPKDLDSIHNIMKSLKELRSPEKLMSEAKKIVDGGANLLSNFSSFAENVSITYDIAAKAKDRPQEKRPGLGLARKKASFSLKTSSSHPPVNLEPTLDIDRLEDPDAFFDAYERIENAKKEIQKQTGVGGNNINLYKPSNNERRRRPGILGKSYNYKHRYSSTPSENDDMWMSSQETVHQDIPSPPNDVLHKKLIDPDPNLSDVEEIELAESMKKTESRVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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