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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001212

染色体: Chr07 坐标: 9265553-9267723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001212
名称SmilChr07G001212
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHR2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9265553 - 9267723 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992389
GeneID130992389
locus_tag-
NCBI NameLOC130992389
原始查询SmilChr07G001212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHR2
产物histone-lysine N-methyltransferase ASHR2
ArabidopsisAT2G19640 (ASHR2)
ASH1-related protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816483]
identity=54.1; qcov=1.05; evalue=8.18e-127; confidence=high
RiceOs08g0205300 (OsSET28)
-
identity=41.4; qcov=1.04; evalue=3.09e-77; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00856 (SET)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992389

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772983.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772983.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772983.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772983.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772983.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9265924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B87,C30
Chr7:9265928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C46,C85
Chr7:9265972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr7:9266121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:9266171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:9266440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C34,C38,C51,D1
Chr7:9266503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B131,C33,C46
Chr7:9266542 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 116 A1,A10,A13,A14,A21,A22,A23,A4,A7,A9,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B121,B123,B129,B13,B131,B132,B136,B137,B139,B140,B19,B2,B23,B28,B30,B32,B36,B37,B38,B4,B41,B42,B45,B46,B47,B53,B55,B60,B65,B66,B67,B68,B70,B71,B74,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B92,B97,B98,C12,C13,C18,C19,C20,C24,C25,C26,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C40,C42,C43,C45,C48,C49,C5,C53,C60,C61,C62,C63,C65,C71,C76,C78,C79,C80,C83,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D6,D7
Chr7:9266556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B30,C3,C79
Chr7:9266572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C15
Chr7:9266596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B30,C23,C3,C79
Chr7:9266612 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A22,A7,B1,B110,B112,B120,B26,B74,B95,C28,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772983.1
374 aa
N
1
187
374
SET
C
PF00856 SET 17-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772983.1 Pfam PF00856 SET Family 17 261 2.6e-08 34.9 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917000.1
AATTCCACATAAAAAAATTATCACTTGTGACGTGACTCCAAATTGGTCTGTTGTAGTAATTTCGATTTAGGCTTTCCAATAAAAAGGAAGAAAGAAAAAGAAAAGCCCAATTAAGGTTCCTCGCCGCCGTCATCGTCATCACCGGGAAATCTCCCTCCCAGTGAGCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTTAAAACTCAGTTCTTTACTAGCATCTTTTTCTTCCGGAAAAAACCTTCAGCAAAATGTCTGACTGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992389
ATGTCTGACTGTAATTCTCCTATTAAAATGGTACAAGTAGAAAACAGAGGAAGAGCATTAGTCTCCACCAAGCCGCTCAAGGCCGGAGATATACTCCTCAAAGACTCCCCTATTCTCCTCTACTCCGCCGTCCCCTCCTCCTCCCCCGCCGCCAATTACTGCTCCCACTGTTTCAGAACAATCGCACCCCTCTCTGCAACAACCCTCTCTTGCCCCAATTGCTCCACCGCCTCACCTTTCTGCTCTCCACAATGCCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772983.1
MSDCNSPIKMVQVENRGRALVSTKPLKAGDILLKDSPILLYSAVPSSSPAANYCSHCFRTIAPLSATTLSCPNCSTASPFCSPQCQSAALSTSHTPFVCQALRRLGAADSPLLHHDHLLQARFLVAAYNLAIASPPQFQTLLSLEGDASVDDASNFLHSVISSICQLPNAGGVGFSVELTAALLAKDKLNAFGLMEPFDQDKERSVRAYGIYPTASFFNHDCLPNACRFDYVDSASDISNTDIIIRVIHDLPAGREICLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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