当前解析结果
SmilChr07G001212| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001212 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001212 |
| 描述 | histone-lysine N-methyltransferase ASHR2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9265553 - 9267723 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992389 |
|---|---|
| GeneID | 130992389 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992389 |
| 原始查询 | SmilChr07G001212 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | histone-lysine N-methyltransferase ASHR2 |
| 产物 | histone-lysine N-methyltransferase ASHR2 |
| Arabidopsis | AT2G19640 (ASHR2)ASH1-related protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816483] identity=54.1; qcov=1.05; evalue=8.18e-127; confidence=high |
| Rice | Os08g0205300 (OsSET28)- identity=41.4; qcov=1.04; evalue=3.09e-77; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00856 (SET) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992389 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772983.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057772983.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772983.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772983.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772983.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9265924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B87,C30 |
Chr7:9265928 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C46,C85 |
Chr7:9265972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr7:9266121 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr7:9266171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:9266440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C34,C38,C51,D1 |
Chr7:9266503 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B131,C33,C46 |
Chr7:9266542 |
C |
CTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 116 | A1,A10,A13,A14,A21,A22,A23,A4,A7,A9,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B121,B123,B129,B13,B131,B132,B136,B137,B139,B140,B19,B2,B23,B28,B30,B32,B36,B37,B38,B4,B41,B42,B45,B46,B47,B53,B55,B60,B65,B66,B67,B68,B70,B71,B74,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B92,B97,B98,C12,C13,C18,C19,C20,C24,C25,C26,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C40,C42,C43,C45,C48,C49,C5,C53,C60,C61,C62,C63,C65,C71,C76,C78,C79,C80,C83,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D3,D6,D7 |
Chr7:9266556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B30,C3,C79 |
Chr7:9266572 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C15 |
Chr7:9266596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,B30,C23,C3,C79 |
Chr7:9266612 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | A22,A7,B1,B110,B112,B120,B26,B74,B95,C28,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772983.1PF00856
SET 17-261 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772983.1 |
Pfam | PF00856 |
SET | Family | 17 | 261 | 2.6e-08 | 34.9 | SET domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。