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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001214

染色体: Chr07 坐标: 9273841-9279588 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001214
名称SmilChr07G001214
描述protein MLN51 homolog
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9273841 - 9279588 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992390
GeneID130992390
locus_tag-
NCBI NameLOC130992390
原始查询SmilChr07G001214

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MLN51 homolog
产物protein MLN51 homolog
ArabidopsisAT1G80000 (AT1G80000)
CASC3/Barentsz eIF4AIII binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844340]
identity=37.9; qcov=1.02; evalue=1.6e-96; confidence=medium
RiceOs01g0595100
-
identity=39.3; qcov=1.01; evalue=2.23e-88; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0035145 (exon-exon junction complex)
KEGG-
PfamPF09405 (Btz)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772984.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057772984.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057772984.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057772984.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057772984.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9276277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B6,C67
Chr7:9276623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B93
Chr7:9276676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C23
Chr7:9276803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B13,B136
Chr7:9276928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:9277214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B131,C33,C46
Chr7:9278841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B100,B61
Chr7:9278945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:9279116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:9279183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C4
Chr7:9279232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772984.1
698 aa
N
1
349
698
Btz
C
PF09405 Btz 123-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772984.1 Pfam PF09405 Btz Domain 123 231 2.3e-18 67.4 CASC3/Barentsz eIF4AIII binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091282.1
CTTTCAATTTGGAGTAAAGAACTTCAACTCATCCGTCAATGCCTCTTTCTCTCTCTTTAAATAAATCATTGATTGGTGAAATTTGACTCTCCTTCAAGGTTTTAAATCCAAAATCCCTATAAATTCTAGACGAATTAATTGTGGAATCCAGGGTTTTTCTAATTTCCGACCACTTTCAAACCCTAAGTTTTGTAGTAACTGCAGCTCTGAATCGCGGTTCCTTTTCTGTGTTGAAGTTGAACTCTTTCTGTTACTGGTGA...
XM_057917001.1
CTTTCAATTTGGAGTAAAGAACTTCAACTCATCCGTCAATGCCTCTTTCTCTCTCTTTAAATAAATCATTGATTGGTGAAATTTGACTCTCCTTCAAGGTTTTAAATCCAAAATCCCTATAAATTCTAGACGAATTAATTGTGGAATCCAGGGTTTTTCTAATTTCCGACCACTTTCAAACCCTAAGTTTTGTAGTAACTGCAGCTCTGAATCGCGGTTCCTTTTCTGTGTTGAAGTTGAACTCTTTCTGTTACTGGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992390
ATGGCGGCGGAGGAGATTGAGTACGAGAGCGATCCGGAGGAGGCGAAGTTGTCGTTGAAGATGCGGAGGAGGGAGGCGAGCGACGATGAAGAAGAGGCGGAGCAAGGGGGAAACCCCAGGGGGAAACCTCCGCGGAGAATTGAGTCGGATGGGGAATCTGAAGGTGCGGCGGCGGAGTATGAGGAGGAGTTGGACGAAGAAGAGGAAGATTATGATTTGGATGAGGAGTATGTGGAGGAGCAGATAGAGGAGGTAACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772984.1
MAAEEIEYESDPEEAKLSLKMRRREASDDEEEAEQGGNPRGKPPRRIESDGESEGAAAEYEEELDEEEEDYDLDEEYVEEQIEEVTVEYGEGGGGRGKDGVEVVAVEREESEKEGTFEGKVSEEEKQGGNDDAGENIDGDKNVADGEHEEERKEIEPFSVPTAGAFYMHDDRFRDNAGGRHRRTLGGRKLWESKDDRKWGHDKFEELTMQERHHEEGRRGARGRYRGRNRNRASDPGFVQVNKPKEYTNNGTQNNNNQGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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