当前解析结果
SmilChr07G001214| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001214 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001214 |
| 描述 | protein MLN51 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9273841 - 9279588 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992390 |
|---|---|
| GeneID | 130992390 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992390 |
| 原始查询 | SmilChr07G001214 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein MLN51 homolog |
| 产物 | protein MLN51 homolog |
| Arabidopsis | AT1G80000 (AT1G80000)CASC3/Barentsz eIF4AIII binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844340] identity=37.9; qcov=1.02; evalue=1.6e-96; confidence=medium |
| Rice | Os01g0595100- identity=39.3; qcov=1.01; evalue=2.23e-88; confidence=medium |
| GO | GO:0003729 (mRNA binding); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0035145 (exon-exon junction complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09405 (Btz) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992390 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772984.1 |
| 2 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.60000 | XP_057772984.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057772984.1 |
| 4 | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | 0.40000 | XP_057772984.1 |
| 5 | P-body | P-body | 0.20000 | XP_057772984.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9276277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B6,C67 |
Chr7:9276623 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,B93 |
Chr7:9276676 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C23 |
Chr7:9276803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B13,B136 |
Chr7:9276928 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:9277214 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B131,C33,C46 |
Chr7:9278841 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B100,B61 |
Chr7:9278945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:9279116 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr7:9279183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C4 |
Chr7:9279232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772984.1PF09405
Btz 123-231 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772984.1 |
Pfam | PF09405 |
Btz | Domain | 123 | 231 | 2.3e-18 | 67.4 | CASC3/Barentsz eIF4AIII binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。