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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001215

染色体: Chr07 坐标: 9283880-9290115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001215
名称SmilChr07G001215
描述uncharacterized SmilChr07G001215
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9283880 - 9290115 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992393
GeneID130992393
locus_tag-
NCBI NameLOC130992393
原始查询SmilChr07G001215

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816485]; symbol=AT2G19660; hit=AT2G19660; species=arabidopsis; confidence=low
产物Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816485]; symbol=AT2G19660; hit=AT2G19660; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G19660 (AT2G19660)
Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816485]
identity=31.8; qcov=0.771; evalue=4.05e-25; confidence=low
RiceOs07g0611200
-
identity=29.2; qcov=0.535; evalue=4.66e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03107 (C1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057772986.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057772986.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057772986.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772986.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772986.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9284142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B131,C33,C46
Chr7:9284150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C68,D7
Chr7:9288852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,B82,B91,D7
Chr7:9288874 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A20,B109,B6,C11,C69,C75,C86
Chr7:9288993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:9289001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr7:9289030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:9289061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82
Chr7:9289106 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr7:9289106 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr7:9289162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B131,C33,C46
Chr7:9289170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772986.1
314 aa
N
1
157
314
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 71-117 aa PF03107 C1_2 127-175 aa PF03107 C1_2 189-233 aa PF03107 C1_2 256-297 aa
XP_057772987.1
314 aa
N
1
157
314
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 71-117 aa PF03107 C1_2 127-175 aa PF03107 C1_2 189-233 aa PF03107 C1_2 256-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772986.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 71 117 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772986.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 127 175 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772986.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 189 233 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772986.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 256 297 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772987.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 71 117 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772987.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 127 175 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772987.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 189 233 2.6e-34 118.0 C1 domain
XP_057772987.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 256 297 2.6e-34 118.0 C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917004.1
AATCATGTTTGAGGAAGAGGAAGACGAAGACGAAGATAATGAGCTGAAGATATGTGATGTTTGTGTAACACCTATATCTTCTCACCCGTATTACGAATGCGCAGCTTGCAAATATTTTGTCCACTTGATTTGCTCATTATTGCCCAAAACATTATCGTCATCGTCTTCTTCCACCTCTCCATATGGTAAGTGCCAACAAACAGATGATAAAAATCATAAATTCACGCTCTACACGAGCATCAAAGAAAATGATGAGAATT...
XM_057917003.1
TTTTTTTTTTTTAATTTCAGGAAAGAAGATAAAAATGTGATTGAATTCCCATTAGCTGACATTTCCAGTTAGTTAATTACAGCTTTTGTGATGAGAGAAAAAGGCATCATCATCATCCCTGATGTGAATGACATGCCAGCAACCGTGAAGATGCCAGAAACCACAGCAAGTTATTCATATTTATTCAATTATCACAACCATCCTTTGAATTTGGTTTCGAAGACGGGGGCAAAGCAATCATGTTTGAGGAAGAGGAAGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992393
ATGTTTGAGGAAGAGGAAGACGAAGACGAAGATAATGAGCTGAAGATATGTGATGTTTGTGTAACACCTATATCTTCTCACCCGTATTACGAATGCGCAGCTTGCAAATATTTTGTCCACTTGATTTGCTCATTATTGCCCAAAACATTATCGTCATCGTCTTCTTCCACCTCTCCATATGGTAAGTGCCAACAAACAGATGATAAAAATCATAAATTCACGCTCTACACGAGCATCAAAGAAAATGATGAGAATTCGGA...
LOC130992393
ATGTTTGAGGAAGAGGAAGACGAAGACGAAGATAATGAGCTGAAGATATGTGATGTTTGTGTAACACCTATATCTTCTCACCCGTATTACGAATGCGCAGCTTGCAAATATTTTGTCCACTTGATTTGCTCATTATTGCCCAAAACATTATCGTCATCGTCTTCTTCCACCTCTCCATATGGTAAGTGCCAACAAACAGATGATAAAAATCATAAATTCACGCTCTACACGAGCATCAAAGAAAATGATGAGAATTCGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772986.1
MFEEEEDEDEDNELKICDVCVTPISSHPYYECAACKYFVHLICSLLPKTLSSSSSSTSPYGKCQQTDDKNHKFTLYTSIKENDENSDLYYCRLCDKPTNGMVYRCEECEMIIDVKCASLPTTIKHASHSHPNLIIARIGDKRPRLCRCCGYYLKDIDGYRCIKDGCDFTLHLECALLPPTVRKHEWDHYPLLLTFDASDHPSDFICDFCEVEMHPKRWMYHCRQCDHSYHTHCLKTAFGYYRNIKFGHRFDLDLIHPHPL...
XP_057772987.1
MFEEEEDEDEDNELKICDVCVTPISSHPYYECAACKYFVHLICSLLPKTLSSSSSSTSPYGKCQQTDDKNHKFTLYTSIKENDENSDLYYCRLCDKPTNGMVYRCEECEMIIDVKCASLPTTIKHASHSHPNLIIARIGDKRPRLCRCCGYYLKDIDGYRCIKDGCDFTLHLECALLPPTVRKHEWDHYPLLLTFDASDHPSDFICDFCEVEMHPKRWMYHCRQCDHSYHTHCLKTAFGYYRNIKFGHRFDLDLIHPHPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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