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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001222

染色体: Chr07 坐标: 9356945-9361169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001222
名称SmilChr07G001222
描述protein ROLLING AND ERECT LEAF 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9356945 - 9361169 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992400
GeneID130992400
locus_tag-
NCBI NameLOC130992400
原始查询SmilChr07G001222

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ROLLING AND ERECT LEAF 2
产物protein ROLLING AND ERECT LEAF 2
ArabidopsisAT1G52320 (AT1G52320)
kinesin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841662]
identity=49.8; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0394200
-
identity=58.8; qcov=0.581; evalue=3.29e-176; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772998.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772998.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772998.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772998.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772998.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9357866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B13,B136
Chr7:9358003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:9358149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C29
Chr7:9358465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:9358863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,C15,C32,C68
Chr7:9359867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr7:9360331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82
Chr7:9360415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:9360859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:9360907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772998.1
747 aa
N
1
374
747
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-59 aa PF04782 DUF632 310-615 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772998.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 59 7.7e-24 84.3 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057772998.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 310 615 1.9e-100 336.9 Protein of unknown function (DUF632)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917015.1
ATAATGGGGTCCATGAATAGTTAAAAATGAGGTAGTGGGACGGTAGAGAAAATATGAGATAGTTGAAAAATGAGGTAGTTGTTGAGGTGACACATATGTGACACCACGGTGGGGTAGCACCACAGTGGATGCTCTAAAAAAATTACTCCTGCCTTCTAGAACCATTGTCCGCCGCCGGAACAGTATAATACTACGGCCTGCCACCTGGGGGCGGCGCTGGCCGGAGCTCCGATAGGCGATAACTATATGCACTGTTCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992400
ATGGGCTGCACGCAGTCGAAGATCGAGAACGAAGAGACGGTCAACCGATGTAAGGAACGCAAGCAGCACATGGAGCGCGCCGTCACGGCCAGGAACAAGTTCGCCGCCGCGCACTCTGCCCACGCCATGTCCTTGAAGAATACCGGCGCCGCCCTCAGCGACTTCGCCCAGGGTGAGGCCATCTACCCCGCCACGGCCGTCGCCGCCGCTTCCGTGGCCTCCTCCACCGCAATCGGGAGTGCCGCCCCGCCTCCCCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772998.1
MGCTQSKIENEETVNRCKERKQHMERAVTARNKFAAAHSAHAMSLKNTGAALSDFAQGEAIYPATAVAAASVASSTAIGSAAPPPPHPYENFPPPPPPPHESFPNTSPLQRAATMPEFAIPRPVNNHADPIMEEENEEDDESDISHSLKRRSKSSKSAGRGGISPPEPLEDEVLHQQRKNDQRDHDRERVQQQQQPPPPPSNSSSWDYFFGTDHIPGPTLADVEENSVEIEEMERKMLEERARRKEMEEKEKARAAKAEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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