当前解析结果
SmilChr07G001222| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001222 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001222 |
| 描述 | protein ROLLING AND ERECT LEAF 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9356945 - 9361169 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992400 |
|---|---|
| GeneID | 130992400 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992400 |
| 原始查询 | SmilChr07G001222 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ROLLING AND ERECT LEAF 2 |
| 产物 | protein ROLLING AND ERECT LEAF 2 |
| Arabidopsis | AT1G52320 (AT1G52320)kinesin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841662] identity=49.8; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0394200- identity=58.8; qcov=0.581; evalue=3.29e-176; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992400 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772998.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772998.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057772998.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772998.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772998.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9357866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B13,B136 |
Chr7:9358003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr7:9358149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B90,B92,C29 |
Chr7:9358465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr7:9358863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,C15,C32,C68 |
Chr7:9359867 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr7:9360331 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,B82 |
Chr7:9360415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr7:9360859 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:9360907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772998.1PF04783
DUF630 1-59 aa
PF04782
DUF632 310-615 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772998.1 |
Pfam | PF04783 |
DUF630 | Family | 1 | 59 | 7.7e-24 | 84.3 | Protein of unknown function (DUF630) |
XP_057772998.1 |
Pfam | PF04782 |
DUF632 | Family | 310 | 615 | 1.9e-100 | 336.9 | Protein of unknown function (DUF632) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。