Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001225`

染色体: Chr07 坐标: 9386153-9387172 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001225`
名称	SmilChr07G001225
描述	transcription repressor OFP14
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9386153 - 9387172 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992403`
GeneID	`130992403`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992403`
原始查询	`SmilChr07G001225`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription repressor OFP14
产物	transcription repressor OFP14
Arabidopsis	`AT1G79960` (OFP14) ovate family protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844336] identity=32.1; qcov=1.19; evalue=1.63e-28; confidence=low
Rice	`Os03g0159400` (OsOFP7) - identity=48.4; qcov=0.256; evalue=7.08e-12; confidence=weak
GO	GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04844 (Ovate)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057773004.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057773004.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057773004.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773004.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773004.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9386282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,C30,C7,C84
`Chr7:9386324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96
`Chr7:9386345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C73
`Chr7:9386351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr7:9386644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr7:9386685`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B103
`Chr7:9386685`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B103
`Chr7:9386711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773004.1

242 aa

121

242

Ovate

PF04844 Ovate 159-217 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773004.1`	Pfam	`PF04844`	Ovate	Family	159	217	8.2e-23	80.9	Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917021.1
CTCTCTACGTGTTAACTGTTTCATAACCTCATAAATCCTAACAGGAAATTGTGATTTTAGTTTTAACATTTTTGTGAGAAGAAAAAGAAAAATGCCAAAGCAAATCCCTAAATCACTGCAAGACTGCCTCTCGAAACTCAAAATCCCCAACAAACAATTCCCGCTGAGCGGCTGCAAGCACGTGAAGACGACGTCGTTCGCCGCGGCCGCTGCCGGCAAGGAGAAGGAAGTCGATGGCGACGGCGTAACGCTGACGGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992403
ATGCCAAAGCAAATCCCTAAATCACTGCAAGACTGCCTCTCGAAACTCAAAATCCCCAACAAACAATTCCCGCTGAGCGGCTGCAAGCACGTGAAGACGACGTCGTTCGCCGCGGCCGCTGCCGGCAAGGAGAAGGAAGTCGATGGCGACGGCGTAACGCTGACGGATATCGACAAATTCCTATTCGAGAATTTCCGATCGCTCTACCGGGAGGAGTACGAAGAAGGAATCTCGAGGAAAAGCGCGTTTCTGCTCGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773004.1
MPKQIPKSLQDCLSKLKIPNKQFPLSGCKHVKTTSFAAAAAGKEKEVDGDGVTLTDIDKFLFENFRSLYREEYEEGISRKSAFLLESPRLLEPPPPENLCRSARFFVESGSTSSRITDEPFSSVSSASATNESSSTSEEAEAADGALAPEDFIALLTYSPSPYEDFRRSMQEMVEVRMEHNRRVDWKFLEELLFCYLDLNNKKSYRYILRAFVDVIVFLRENSGKSPASLQPLNGGARDGDM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器