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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001228

染色体: Chr07 坐标: 9414284-9421385 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001228
名称SmilChr07G001228
描述heat shock 70 kDa protein 15-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9414284 - 9421385 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992406
GeneID130992406
locus_tag-
NCBI NameLOC130992406
原始查询SmilChr07G001228

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock 70 kDa protein 15-like
产物heat shock 70 kDa protein 15-like
ArabidopsisAT1G79930 (HSP91)
heat shock protein 91 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844333]
identity=76.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0180800
-
identity=72.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGG-
PfamPF00012 (HSP70); PF06723 (MreB_Mbl); PF27508 (HYOU1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773008.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057773008.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773008.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773008.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773008.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9415956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B131,C33,C46,C83
Chr7:9416090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:9416106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:9416210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B77
Chr7:9416220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:9416289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C2,C39
Chr7:9416295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C8
Chr7:9416451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B44
Chr7:9416514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:9416524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B41,C10,C42
Chr7:9416665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C34
Chr7:9416809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B112,B55,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773008.1
841 aa
N
1
420
841
HSP70
MreB_Mbl
HYOU1_C
C
PF00012 HSP70 3-687 aa PF06723 MreB_Mbl 136-374 aa PF27508 HYOU1_C 708-780 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773008.1 Pfam PF00012 HSP70 Family 3 687 6.2e-155 517.5 Hsp70 protein
XP_057773008.1 Pfam PF06723 MreB_Mbl Family 136 374 5.4e-07 29.5 MreB/Mbl protein
XP_057773008.1 Pfam PF27508 HYOU1_C Domain 708 780 1.5e-10 41.8 HYOU1-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917025.1
TTGTAATTATTTGTTAAGTATTAATATTAATATTCCACACAATGACGCAAACCCTGGATCCTTCTCTACTTATAAACCCGTCTAAATTTTCATTAGATTTTTATTTTCTATTTTTATTTTTATTCTCCTTCTCACTCACAGTAGAAAATCCCACAAATTCTTCTGCGCGGCGCGCTCGATCTGCTCTCAGGTAAATACTTGTCACGTTGCAGAGGGACTTTGCTGCAACTTCAAGTATTAAAGTAAACATGAGTGTGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992406
ATGAGTGTGGTAGGTTTTGATGTTGGGAACGAAAGTGGTGTTGTTGCAGTTGCAAGGCAAAGAGGAATCGATGTTGTGCTCAACGATGAGTCCAAGCGTGAAACTCCTGCTATCGTATGTTTTGGTGAGAAGCAGCGATTTCTTGGAACAGCAGGGGCTGCATCAAGTATGATGAATCCAAAAAATACAATATCACAGATAAAACGCTTTATTGGACGTAAATATTCAGATCCCGAGTTGCAGAAGGATATCAAATCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773008.1
MSVVGFDVGNESGVVAVARQRGIDVVLNDESKRETPAIVCFGEKQRFLGTAGAASSMMNPKNTISQIKRFIGRKYSDPELQKDIKSLPFSVTEGPDGYPLIHAQYLAENRTFTPTQLLGMVLSDLKIIAEKNLNAAVVDCCIGIPVYFTDLQRRAVIDAATIAGLHPLHLIHETTATALAYGIYKTDLPENEPMNVAFVDVGHASMQVCIAAFKKGQLKILAHSYDRCLGGRDFDEVLFQHFAAKFKDEYKIDVYQNARA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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