Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001246

染色体: Chr07 坐标: 9550392-9551038 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001246
名称SmilChr07G001246
描述protein TAP1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9550392 - 9551038 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992422
GeneID130992422
locus_tag-
NCBI NameLOC130992422
原始查询SmilChr07G001246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TAP1-like
产物protein TAP1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057773027.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773027.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773027.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773027.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9550473 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr7:9550473 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B35
Chr7:9550508 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 110 A1,A10,A14,A18,A20,A23,A25,A6,A8,B101,B106,B11,B110,B112,B114,B115,B118,B120,B124,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B137,B140,B16,B17,B18,B19,B25,B26,B28,B31,B32,B34,B36,B37,B46,B48,B49,B51,B58,B59,B61,B64,B65,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B80,B81,B82,B84,B86,B89,B9,B94,B95,B98,C12,C13,C16,C2,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C37,C39,C40,C41,C43,C45,C48,C50,C53,C54,C56,C57,C58,C60,C62,C63,C66,C68,C72,C75,C79,C80,C81,C85,C87,C9,D1,D2,D3,D7,D8
Chr7:9550587 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 17 A18,A20,B101,B112,B124,B137,B16,B19,B26,B32,B36,B61,B76,C25,C53,C9,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917044.1
CCAAAATCAAGAAACAGAAAAGAAAAAACAAATCGCAGAAAATGGAGAAGATTTTGTTGATAATGAGCATTGTGTTGGCAACGTGTGCAACAAGTTTAGCAGAAAACATTAATGTGCAATCATGTGTGTCAGAGTGCTATGATTACTGCAAAGATGAACCAAAAATAAGAGGCTGCATAACTGGTTGTATTGTTACAAGGCATTGCATTCCTCCCAAGTTGGATTCGGTTAAGTCATCTTACTGCAATCACGGTTGCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992422
ATGGAGAAGATTTTGTTGATAATGAGCATTGTGTTGGCAACGTGTGCAACAAGTTTAGCAGAAAACATTAATGTGCAATCATGTGTGTCAGAGTGCTATGATTACTGCAAAGATGAACCAAAAATAAGAGGCTGCATAACTGGTTGTATTGTTACAAGGCATTGCATTCCTCCCAAGTTGGATTCGGTTAAGTCATCTTACTGCAATCACGGTTGCGTTCTTCACAAATGCGCCACAGCTACGCCAGAGCAAATCTCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773027.1
MEKILLIMSIVLATCATSLAENINVQSCVSECYDYCKDEPKIRGCITGCIVTRHCIPPKLDSVKSSYCNHGCVLHKCATATPEQISSCADACSNVCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器