Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001259

染色体: Chr07 坐标: 9695089-9699558 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001259
名称SmilChr07G001259
描述CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9695089 - 9699558 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992430
GeneID130992430
locus_tag-
NCBI NameLOC130992430
原始查询SmilChr07G001259

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRM-domain containing factor CFM3, chloroplastic/mitochondrial
产物CRM-domain containing factor CFM3%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT3G18390 (EMB1865)
CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821368]
identity=59.7; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0551900
-
identity=65.1; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000375 (RNA splicing, via transesterification reactions); GO:0003729 (mRNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773036.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057773036.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773036.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773036.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9695166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B5,C83
Chr7:9695177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B5,C83
Chr7:9695291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:9695333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C15
Chr7:9695342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:9695349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B77,C62
Chr7:9695846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B67,B68,B99,C43,C9
Chr7:9696499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B75,B85,C50
Chr7:9697374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B94,C34,C57,D8
Chr7:9698195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773036.1
807 aa
N
1
404
807
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 210-292 aa PF01985 CRS1_YhbY 406-490 aa PF01985 CRS1_YhbY 615-702 aa
XP_057773037.1
804 aa
N
1
402
804
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 210-292 aa PF01985 CRS1_YhbY 406-490 aa PF01985 CRS1_YhbY 615-702 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773036.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 210 292 1e-54 183.5 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057773036.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 406 490 1e-54 183.5 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057773036.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 615 702 1e-54 183.5 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057773037.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 210 292 9.8e-55 183.6 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057773037.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 406 490 9.8e-55 183.6 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057773037.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 615 702 9.8e-55 183.6 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917053.1
GAGAAAAATCTTGTTTATCTTCAAAACCTTACGCCTTGAGACTTCAGTGATAGCTCAGGCTTCAGAAGCCAAAAATGGCGCTCTCAACGGCCAAATTCACCGAACTACAGCCGCACCTCTTGTCCACCTTCTCATTCCCCCGCCGCAAACCGCCGAGGTTCCACCGACTCATCTTCAAACCTCTCTCTTCCTCTCCCCGTCCCACCAAATTACCCCATACGCCTGCCGGAAAGCCCAGCATTCCGCAGAAGCCGTCGTCT...
XM_057917054.1
GAGAAAAATCTTGTTTATCTTCAAAACCTTACGCCTTGAGACTTCAGTGATAGCTCAGGCTTCAGAAGCCAAAAATGGCGCTCTCAACGGCCAAATTCACCGAACTACAGCCGCACCTCTTGTCCACCTTCTCATTCCCCCGCCGCAAACCGCCGAGGTTCCACCGACTCATCTTCAAACCTCTCTCTTCCTCTCCCCGTCCCACCAAATTACCCCATACGCCTGCCGGAAAGCCCAGCATTCCGCAGAAGCCGTCGTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992430
ATGGCGCTCTCAACGGCCAAATTCACCGAACTACAGCCGCACCTCTTGTCCACCTTCTCATTCCCCCGCCGCAAACCGCCGAGGTTCCACCGACTCATCTTCAAACCTCTCTCTTCCTCTCCCCGTCCCACCAAATTACCCCATACGCCTGCCGGAAAGCCCAGCATTCCGCAGAAGCCGTCGTCTGCCTGGATAAAAAAATGGCCATCTCCTCCACCTGCGCCGCCGCCGCGCTCGAAAGCCGCTCCGAAGAAGCCCGA...
LOC130992430
ATGGCGCTCTCAACGGCCAAATTCACCGAACTACAGCCGCACCTCTTGTCCACCTTCTCATTCCCCCGCCGCAAACCGCCGAGGTTCCACCGACTCATCTTCAAACCTCTCTCTTCCTCTCCCCGTCCCACCAAATTACCCCATACGCCTGCCGGAAAGCCCAGCATTCCGCAGAAGCCGTCGTCTGCCTGGATAAAAAAATGGCCATCTCCTCCACCTGCGCCGCCGCCGCGCTCGAAAGCCGCTCCGAAGAAGCCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773036.1
MALSTAKFTELQPHLLSTFSFPRRKPPRFHRLIFKPLSSSPRPTKLPHTPAGKPSIPQKPSSAWIKKWPSPPPAPPPRSKAAPKKPEQKPETLRGGTTAIDRIVLRLRNLGLGSDDEEEEGGELGLDLENDNLNPIDSRNVECGDEKLGDLLKRDWVRPDTILVEDQGFESEALLPWERGVAEDEEMVEHKVGLKKRTMRAPSLAELTIEDEELRRLRRMGMTLRERVSVAKAGITAAVLEKIHEKWRRCELVRLKFHEE...
XP_057773037.1
MALSTAKFTELQPHLLSTFSFPRRKPPRFHRLIFKPLSSSPRPTKLPHTPAGKPSIPQKPSSAWIKKWPSPPPAPPPRSKAAPKKPEQKPETLRGGTTAIDRIVLRLRNLGLGSDDEEEEGGELGLDLENDNLNPIDSRNVECGDEKLGDLLKRDWVRPDTILVEDQGFESEALLPWERGVAEDEEMVEHKVGLKKRTMRAPSLAELTIEDEELRRLRRMGMTLRERVSVAKAGITAAVLEKIHEKWRRCELVRLKFHEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器