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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001261

染色体: Chr07 坐标: 9703513-9705460 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001261
名称SmilChr07G001261
描述uncharacterized SmilChr07G001261
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9703513 - 9705460 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992432
GeneID130992432
locus_tag-
NCBI NameLOC130992432
原始查询SmilChr07G001261

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0614200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0614200; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G24506 (AT3G24506)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822043]
identity=58.2; qcov=0.564; evalue=1.56e-22; confidence=medium
RiceOs02g0614200
-
identity=71; qcov=0.443; evalue=5.55e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773040.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057773040.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773040.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773040.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773040.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9703688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:9703840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr7:9705074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,B68,B99,C43
Chr7:9705237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917057.1
GTTTGGGCCCGGCCCACACTCAAAACAGCTCGTATTGACTATTTTTGGGACTCTCTCCGTCTCTTTGTCTCTCTCTCTCTCTCGCACAATTGGGTGAGTGGATATTTGGTGGGCATCGGAGTAGAAGGTACAGTAGACTACTCCATCTGCACGCGCCGCCGCGGATGGCGTACTCGTCCTTATTCCTCTGTCTACCAGCTTCTACTCCCAAAGCGGAGTTGATAGCTTCAACCTCGTCGACATTTATGACTTCTTCTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992432
ATGGCGTACTCGTCCTTATTCCTCTGTCTACCAGCTTCTACTCCCAAAGCGGAGTTGATAGCTTCAACCTCGTCGACATTTATGACTTCTTCTACAATTACAAACGCCCTTTCTCCGCTGCCGTCTTTCCCGAGTAGCCGCAGCTCAATCGTGGCGCGTGGCCGCCGGAGATCATTGATTGTGGGTATGGCACCTGAAGAAGAGAAGATGACTCGCCGTTCGCCTCTTGATTTCCCCATTGAGTGGGATAGGCCAAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773040.1
MAYSSLFLCLPASTPKAELIASTSSTFMTSSTITNALSPLPSFPSSRSSIVARGRRRSLIVGMAPEEEKMTRRSPLDFPIEWDRPKPGRRPDIFPQFSPMKTPLPPPMPADPEEDEEEDEEKKEEEEEDPEKEDPDKPDQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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