Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001271

染色体: Chr07 坐标: 9760011-9768358 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001271
名称SmilChr07G001271
描述uncharacterized SmilChr07G001271
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9760011 - 9768358 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992439
GeneID130992439
locus_tag-
NCBI NameLOC130992439
原始查询SmilChr07G001271

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838091]; symbol=AT1G15240; hit=AT1G15240; species=arabidopsis; confidence=high
产物phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838091]; symbol=AT1G15240; hit=AT1G15240; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G15240 (AT1G15240)
phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838091]
identity=48.6; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0583500
-
identity=45.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0035091 (phosphatidylinositol binding)
KEGG-
PfamPF00787 (PX); PF02194 (PXA); PF08628 (Nexin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057773047.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057773047.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057773047.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057773047.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773048.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9761494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:9761800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:9761882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B72,B90,B92,C21,C25
Chr7:9764024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B77,C62
Chr7:9764401 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B20,B87
Chr7:9764401 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B20,B87
Chr7:9764464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:9764674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:9765020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr7:9765584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,C31,D7
Chr7:9766027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:9766230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773047.1
1120 aa
N
1
560
1120
PXA
PX
Nexin_C
C
PF02194 PXA 107-284 aa PF00787 PX 696-773 aa PF08628 Nexin_C 939-1080 aa
XP_057773048.1
1071 aa
N
1
536
1071
PXA
PX
Nexin_C
C
PF02194 PXA 107-284 aa PF00787 PX 696-773 aa PF08628 Nexin_C 939-1049 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773047.1 Pfam PF02194 PXA Family 107 284 7.3e-37 128.1 PXA domain
XP_057773047.1 Pfam PF00787 PX Domain 696 773 6e-13 49.9 PX domain
XP_057773047.1 Pfam PF08628 Nexin_C Family 939 1080 9.6e-22 78.2 Sorting nexin C terminal
XP_057773048.1 Pfam PF02194 PXA Family 107 284 7e-37 128.1 PXA domain
XP_057773048.1 Pfam PF00787 PX Domain 696 773 6.1e-13 49.8 PX domain
XP_057773048.1 Pfam PF08628 Nexin_C Family 939 1049 1.9e-14 54.7 Sorting nexin C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917064.1
AATATGTCAGCTTCTAAACAAATCCTAATCGGAACGTGGAAACGTTGATTTGATTAATTGCTGCTAATTAAACCCCTAAAACAAACCTACCGCGAGATTTGGGAATTCACAACTTATTCTCCGTTGTAAATACAGAGAGAGAGAGAAAGCACTTAGTCCGCACAGTCGTACACTGAAAACCTAATGGTCTGTGAGCTTTGGTGTGGATTTATTAGGAAATGGCGTGCCGTGCTCGCATCGAATTATTCGTTCAGCTCGAT...
XM_057917065.1
AATATGTCAGCTTCTAAACAAATCCTAATCGGAACGTGGAAACGTTGATTTGATTAATTGCTGCTAATTAAACCCCTAAAACAAACCTACCGCGAGATTTGGGAATTCACAACTTATTCTCCGTTGTAAATACAGAGAGAGAGAGAAAGCACTTAGTCCGCACAGTCGTACACTGAAAACCTAATGGTCTGTGAGCTTTGGTGTGGATTTATTAGGAAATGGCGTGCCGTGCTCGCATCGAATTATTCGTTCAGCTCGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992439
ATGAGCAGCAGAGGGATGAAAACTGTGGGTGTTCGCGACCTAGTCGAGGAAGCTAAGAAGCGTACTGTTTTTCTAATCGTAAGCGTTGTTGGATTGTCCTACCTCATGTCATTAACAAGTTCCTCAGTTCTAGTCAACTTGCCTGCCGCTCTCTTGTTAATTATCATTCTTCGCTATTTGTCATTGGATATGGATATACGGAGGAAAACTGCAACTTACAAAAGCAAACAAACATCAGCAAACATTTCTTCTAAAAAAAA...
LOC130992439
ATGAGCAGCAGAGGGATGAAAACTGTGGGTGTTCGCGACCTAGTCGAGGAAGCTAAGAAGCGTACTGTTTTTCTAATCGTAAGCGTTGTTGGATTGTCCTACCTCATGTCATTAACAAGTTCCTCAGTTCTAGTCAACTTGCCTGCCGCTCTCTTGTTAATTATCATTCTTCGCTATTTGTCATTGGATATGGATATACGGAGGAAAACTGCAACTTACAAAAGCAAACAAACATCAGCAAACATTTCTTCTAAAAAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773047.1
MSSRGMKTVGVRDLVEEAKKRTVFLIVSVVGLSYLMSLTSSSVLVNLPAALLLIIILRYLSLDMDIRRKTATYKSKQTSANISSKKNPLKGLRIETERSDWKHNVNSPVVEDAIDQFSRHIVSEWVTDLWYSRITPDRQGPEELVVIMNGVIGVISNRMRNVNLIDLLTRDIIRIVCRRLELFRATKIKIERHQSRFLTVEERDIELKSLLAAENKLHPILFSAEAEHKVLQHVMDGLIVLTFKPEDLRCSLFRYIIREL...
XP_057773048.1
MSSRGMKTVGVRDLVEEAKKRTVFLIVSVVGLSYLMSLTSSSVLVNLPAALLLIIILRYLSLDMDIRRKTATYKSKQTSANISSKKNPLKGLRIETERSDWKHNVNSPVVEDAIDQFSRHIVSEWVTDLWYSRITPDRQGPEELVVIMNGVIGVISNRMRNVNLIDLLTRDIIRIVCRRLELFRATKIKIERHQSRFLTVEERDIELKSLLAAENKLHPILFSAEAEHKVLQHVMDGLIVLTFKPEDLRCSLFRYIIREL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器