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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001272

染色体: Chr07 坐标: 9776753-9779194 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001272
名称SmilChr07G001272
描述uncharacterized SmilChr07G001272
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9776753 - 9779194 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992443
GeneID130992443
locus_tag-
NCBI NameLOC130992443
原始查询SmilChr07G001272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0266300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0266300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G24530 (AT3G24530)
AAA-type ATPase family protein / ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822048]
identity=32.2; qcov=1.01; evalue=6.53e-35; confidence=low
RiceOs02g0266300
-
identity=34.3; qcov=0.915; evalue=1.18e-35; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF29043 (DUF8495)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773053.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773053.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773053.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773053.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9778604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:9778667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B56,B96,C31,D7
Chr7:9778752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773053.1
271 aa
N
1
136
271
DUF8495
C
PF29043 DUF8495 173-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773053.1 Pfam PF29043 DUF8495 Domain 173 259 1.1e-18 68.0 Domain of unknown function (DUF8495)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917070.1
CCATTATTAGAAATTAAATTAAAATAAGTTAATAACTAATAGGGAGATTACATAATTTACATTGTAACTTTTGTCCACTTGATACTATTTTACAATTAATTAAAGATTCCGCCCTAAATTCCGACCTTCAAAAACCTCAAACGAAATCACCCCACGAATCCAACATCAAGAAAGAATGTCGGTTATCCAATGTGAAACTTTTTACGAAGACGTACCAACGTTGGATGAAGTCAAACATGAAATTTCCAGTATTGTGGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992443
ATGTCGGTTATCCAATGTGAAACTTTTTACGAAGACGTACCAACGTTGGATGAAGTCAAACATGAAATTTCCAGTATTGTGGGATTGTCAGAGATCAAAAAGCAGTTGGAATCAATTCTGGAGAAAATAATTGACGCGGAGAAGGACGCCGCTGATGGACTTAGGGTTATACCTCCAAAACCCTTTCACATGGTATTCGTCGGCAGCAATGGAACAGGCAAGTCCACAGTAGCTCGAATAATTGCTAAACTATTTTATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773053.1
MSVIQCETFYEDVPTLDEVKHEISSIVGLSEIKKQLESILEKIIDAEKDAADGLRVIPPKPFHMVFVGSNGTGKSTVARIIAKLFYLAGALASYTVTEMQGNQKMKDAEGGLLLVNIDEEDPINSNTLEEIIAAMDEGDSSIVLAGNYKALNQYMKSNLKLYKRFSARLQFDDLTCEDLAMILEKKASIKGKDGLLCGFELDSSCSTDSISRTIAELTPQNLRSLLNAHLLDQMLIEAKKVAMPGEKTISLRDLEMGIQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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