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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001278

染色体: Chr07 坐标: 9841209-9844751 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001278
名称SmilChr07G001278
描述glyoxylate/hydroxypyruvate/pyruvate reductase 2KGR-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9841209 - 9844751 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992450
GeneID130992450
locus_tag-
NCBI NameLOC130992450
原始查询SmilChr07G001278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glyoxylate/hydroxypyruvate/pyruvate reductase 2KGR-like
产物glyoxylate/hydroxypyruvate/pyruvate reductase 2KGR-like
ArabidopsisAT1G79870 (AT1G79870)
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844326]
identity=62.2; qcov=0.978; evalue=1.17e-136; confidence=high
RiceOs01g0228600 (OsHPR2-1)
-
identity=58.8; qcov=0.981; evalue=5.47e-132; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0016618 (hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity); GO:0030267 (glyoxylate reductase (NADPH) activity); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG-
PfamPF00389 (2-Hacid_dh); PF02826 (2-Hacid_dh_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773070.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057773070.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773070.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773070.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773070.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9844315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C35,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773070.1
319 aa
N
1
160
319
2-Hacid_dh
2-Hacid_dh_C
C
PF00389 2-Hacid_dh 10-318 aa PF02826 2-Hacid_dh_C 116-287 aa
XP_057773071.1
319 aa
N
1
160
319
2-Hacid_dh
2-Hacid_dh_C
C
PF00389 2-Hacid_dh 10-318 aa PF02826 2-Hacid_dh_C 116-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773070.1 Pfam PF00389 2-Hacid_dh Domain 10 318 1.6e-22 80.3 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain
XP_057773070.1 Pfam PF02826 2-Hacid_dh_C Domain 116 287 2.1e-51 174.5 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain
XP_057773071.1 Pfam PF00389 2-Hacid_dh Domain 10 318 1.6e-22 80.3 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain
XP_057773071.1 Pfam PF02826 2-Hacid_dh_C Domain 116 287 2.1e-51 174.5 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917088.1
ATGGAAACTACTTCAAATCCAATCGGCGTTCTTCTCCTCCGCCCGCTGTCGCCGTACCTTCAGCAGGAGCTCTCCAAACGATACGCCCTCTTCAAATTCTGGGAATCGCCGCCGAATCTCCGCCGCGAGTTCCTCGGAGAGCACTCGAACTCGATCAAGGCGGTGGTGTGCAATGGCGTGCAGGGCGCCGATGCCGAGATCATCGACGCGCTACCGCTCCTTGAGATCGTGGCCAGCCACAGCTCCGGCCTCGATAAGAT...
XM_057917087.1
ATGGAAACTACTTCAAATCCAATCGGCGTTCTTCTCCTCCGCCCGCTGTCGCCGTACCTTCAGCAGGAGCTCTCCAAACGATACGCCCTCTTCAAATTCTGGGAATCGCCGCCGAATCTCCGCCGCGAGTTCCTCGGAGAGCACTCGAACTCGATCAAGGCGGTGGTGTGCAATGGCGTGCAGGGCGCCGATGCCGAGATCATCGACGCGCTACCGCTCCTTGAGATCGTGGCCAGCCACAGCTCCGGCCTCGATAAGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992450
ATGGAAACTACTTCAAATCCAATCGGCGTTCTTCTCCTCCGCCCGCTGTCGCCGTACCTTCAGCAGGAGCTCTCCAAACGATACGCCCTCTTCAAATTCTGGGAATCGCCGCCGAATCTCCGCCGCGAGTTCCTCGGAGAGCACTCGAACTCGATCAAGGCGGTGGTGTGCAATGGCGTGCAGGGCGCCGATGCCGAGATCATCGACGCGCTACCGCTCCTTGAGATCGTGGCCAGCCACAGCTCCGGCCTCGATAAGAT...
LOC130992450
ATGGAAACTACTTCAAATCCAATCGGCGTTCTTCTCCTCCGCCCGCTGTCGCCGTACCTTCAGCAGGAGCTCTCCAAACGATACGCCCTCTTCAAATTCTGGGAATCGCCGCCGAATCTCCGCCGCGAGTTCCTCGGAGAGCACTCGAACTCGATCAAGGCGGTGGTGTGCAATGGCGTGCAGGGCGCCGATGCCGAGATCATCGACGCGCTACCGCTCCTTGAGATCGTGGCCAGCCACAGCTCCGGCCTCGATAAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773070.1
METTSNPIGVLLLRPLSPYLQQELSKRYALFKFWESPPNLRREFLGEHSNSIKAVVCNGVQGADAEIIDALPLLEIVASHSSGLDKIDLDRCRERGIRVTYTPDALTDEVADMAILLILATSRRICAADQHVRSAEWKNADFKLTSKFSGKSVGIIGLGRIGSAIAKRAEAFGCRIGYHSRSLKPNSRYKYYPSLTDLASDSQIIVVSCALTRETHHIVNRGVMDALGRDGIIINIARGSHIDQAELISALAEGRLGGAG...
XP_057773071.1
METTSNPIGVLLLRPLSPYLQQELSKRYALFKFWESPPNLRREFLGEHSNSIKAVVCNGVQGADAEIIDALPLLEIVASHSSGLDKIDLDRCRERGIRVTYTPDALTDEVADMAILLILATSRRICAADQHVRSAEWKNADFKLTSKFSGKSVGIIGLGRIGSAIAKRAEAFGCRIGYHSRSLKPNSRYKYYPSLTDLASDSQIIVVSCALTRETHHIVNRGVMDALGRDGIIINIARGSHIDQAELISALAEGRLGGAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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