Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001285`

染色体: Chr07 坐标: 9897965-9899620 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001285`
名称	SmilChr07G001285
描述	uncharacterized SmilChr07G001285
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9897965 - 9899620 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993799`
GeneID	`130993799`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993799`
原始查询	`SmilChr07G001285`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774817.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774817.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774817.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774817.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057774817.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9898111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C80,D11
`Chr7:9898119`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B134,C76,D6
`Chr7:9898119`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B134,C76,D6
`Chr7:9898121`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A3,B132,B2,B62,B85,C61,C64
`Chr7:9898126`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A25,B10,B117,B130,C12,C18,D1
`Chr7:9898130`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B1
`Chr7:9898130`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B1
`Chr7:9898138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr7:9898154`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B100,B48,B60,B87,C2,C57,C69,C87,D8,D9
`Chr7:9898156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr7:9898157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C46,C80
`Chr7:9898225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774817.1

365 aa

182

365

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 155-294 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774817.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	155	294	4.6e-25	89.1	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918834.1
ATGGCTAGAGGAAGCAGTGACGGGCACAGTGGTAGACGAGGGCGCGGTGATGGTAGAGGGCGATCATCATCCTCAGGGGCATCATCACAAGCGTCTGATGGGGGCATTCGTGATTCAGTTGCCCAGATACAGTTGGCTGGAGGTAGTGGATCCGCTCCGACATCATTAGAAGATACCGTGCCCAGCAGCCACTCGAGTACGGGTCGGATTATGTTGACCATTACACCTCAGGGGCAAGTTAGGAACCCTAATGGCTTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993799
ATGGCTAGAGGAAGCAGTGACGGGCACAGTGGTAGACGAGGGCGCGGTGATGGTAGAGGGCGATCATCATCCTCAGGGGCATCATCACAAGCGTCTGATGGGGGCATTCGTGATTCAGTTGCCCAGATACAGTTGGCTGGAGGTAGTGGATCCGCTCCGACATCATTAGAAGATACCGTGCCCAGCAGCCACTCGAGTACGGGTCGGATTATGTTGACCATTACACCTCAGGGGCAAGTTAGGAACCCTAATGGCTTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774817.1
MARGSSDGHSGRRGRGDGRGRSSSSGASSQASDGGIRDSVAQIQLAGGSGSAPTSLEDTVPSSHSSTGRIMLTITPQGQVRNPNGFNWKATQDDAKNLYFMEFKKHFMWDDSIEQAVKLDFMKIAARRYKDFVYEIKMANDDPKKGRPPFIHEREWSDWLSYWRSEAMVKKSETAKKCRMSEPEGPGTGQMKHKGGSKSTLQIADEIAKKKGVDPSQCFYDAYEVLHVNKDGSYTDPRSETVGRKIEELREQQSQPVVGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器