Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001290`

染色体: Chr07 坐标: 9927754-9931858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001290`
名称	SmilChr07G001290
描述	uncharacterized SmilChr07G001290
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9927754 - 9931858 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992458`
GeneID	`130992458`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992458`
原始查询	`SmilChr07G001290`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	LETM1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820329]; symbol=AT3G11560; hit=AT3G11560; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	LETM1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820329]; symbol=AT3G11560; hit=AT3G11560; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G11560` (AT3G11560) LETM1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820329] identity=45.9; qcov=0.503; evalue=8.97e-35; confidence=medium
Rice	`Os08g0482100` - identity=50.4; qcov=0.397; evalue=1.18e-27; confidence=low
GO	GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0030003 (intracellular monoatomic cation homeostasis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057773078.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057773078.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057773078.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773078.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773078.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9930400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:9931400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr7:9931423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr7:9931583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917095.1
TAAAATGGGAATAGGAGTTAATGATTTGAGCAGCAAAATTTAAGTGCAAGAGTTAAAAGAGACAACGACGGTTGATCAAACTCAAACTTGAGCGCCGTGCTGGCGGGAGCACATTACTATGACTTTTGTTCTTCAACTATATACACCTATCCATTCCATCTTTTTTCAACATCTGTTTTTCATTTTAAAAATCAGAGAAATCATTTTCCTCGTTTCAATGCTTTCGCTGCCAAATCGTAATTGAAAAGGACCACCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992458
ATGGAGGTGATAATCGATGAGATCAGGTGGCTCGACTTATTTGCTGCGTACGACTGCCAGTTTTTCCAAGAAGGGAGGAGATCTAAGAGCCAGCCGATTCAGGCGGAGAAGGAAATCATCTTATACACAGTTTTCACCATATGCTATGATGTGATCTCGGGATTTGCTCACTACACCAGCTCAACACAGCAAACTCTAGATTCTCGTTTGTTGGAATTCTTGCTAAAGAGTCAGGGCCTGCTAACAGCATGTCTGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773078.1
MEVIIDEIRWLDLFAAYDCQFFQEGRRSKSQPIQAEKEIILYTVFTICYDVISGFAHYTSSTQQTLDSRLLEFLLKSQGLLTACLEDYWAAYDRTSDLLKIGERNVSDSAPSLFFKSTKNASLIMDALQTDRERHKQASPQKQAPSSSGNQTETSLDCGRRKQNFLSKSAMKLVTASVDVWMGTQLLFVDVSDALRFTVQRLCGRKATKRERQKLNRTLCDLATLIPVTILMLLPVSAVGHAAMFAAIKRYVPCLIPSPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器