Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001309`

染色体: Chr07 坐标: 10079222-10079983 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001309`
名称	SmilChr07G001309
描述	uncharacterized SmilChr07G001309
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10079222 - 10079983 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993803`
GeneID	`130993803`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993803`
原始查询	`SmilChr07G001309`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993803

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057774822.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057774822.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057774822.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057774822.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057774822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10079318`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	C35,C72,C77,D7
`Chr7:10079318`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	C35,C72,C77,D7
`Chr7:10079346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr7:10079363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	93	A1,A10,A15,A3,A4,A5,A7,B100,B109,B110,B111,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B129,B134,B135,B136,B137,B139,B20,B22,B26,B33,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B49,B53,B55,B61,B63,B65,B66,B67,B69,B70,B75,B77,B8,B80,B81,B83,B86,B88,B9,B90,B92,B93,C1,C10,C11,C12,C28,C29,C3,C30,C33,C42,C45,C46,C47,C49,C50,C52,C56,C57,C63,C69,C7,C72,C73,C76,C78,C79,C83,C84,C86,C87,C9,D3,D5
`Chr7:10079393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr7:10079592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B62,B86,C39,C64
`Chr7:10079636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr7:10079660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,C48,C82
`Chr7:10079718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B68,C2
`Chr7:10079888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr7:10079892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr7:10079900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918839.1
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCGTCGCCCTTGACATCTTGGGCAAGAATTATATGTCATGGACTCTTGATGCAGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATAAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAAATTGTTTCTAAATTGAAACTTTGTGGAGAGAAAATCAGTGATGCTGATATGCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993803
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCGTCGCCCTTGACATCTTGGGCAAGAATTATATGTCATGGACTCTTGATGCAGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATAAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAAATTGTTTCTAAATTGAAACTTTGTGGAGAGAAAATCAGTGATGCTGATATGCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774822.1
MANIAKLEFVALDILGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEIVSKLKLCGEKISDADMLEKIFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYPELISCLLVAEQNNELLFKTHELCPTSSAALPEANATFNHDNGRGRGNQRGRGRGHGRGKPHDATFSNKRHKASNEHTKRKVNAKGVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器