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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001316

染色体: Chr07 坐标: 10118784-10119902 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001316
名称SmilChr07G001316
描述early nodulin-like protein 17
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10118784 - 10119902 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992481
GeneID130992481
locus_tag-
NCBI NameLOC130992481
原始查询SmilChr07G001316

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 17
产物early nodulin-like protein 17
ArabidopsisAT1G79800 (ENODL7)
early nodulin-like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844319]
identity=45.6; qcov=0.738; evalue=1.63e-39; confidence=medium
RiceOs06g0553800 (OsENODL17)
-
identity=46.9; qcov=0.684; evalue=2.26e-38; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773115.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773115.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773115.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773115.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10118911 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr7:10118911 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr7:10118998 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 17 A19,A9,B104,B105,B124,B128,B21,B29,B45,B95,C34,C37,C51,C56,C77,D11,D4
Chr7:10119650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:10119787 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B48
Chr7:10119787 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773115.1
187 aa
N
1
94
187
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 61-140 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773115.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 61 140 2e-20 73.3 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917132.1
ATGTTCTACCACGACACTAAACCACCAATAACCGCCGTGCTCCACTCCACCACCTCTCTCTCCCATTTCAGAAATCCCAACTACTTGTATAATTATACCACAGATGTTACCTTTGCAATTTAATCGCAAGAAATTGATCAACATCGCCAACTCAAAAATGGCTTCTTTTATGGGTTTCCGCTTCACCACTTTGTTCCTACTAATCATCACCGCTTCTGCTCCGGTGGCCATCACGGCGGACGAGTTCAAGGTCGGCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992481
ATGTTACCTTTGCAATTTAATCGCAAGAAATTGATCAACATCGCCAACTCAAAAATGGCTTCTTTTATGGGTTTCCGCTTCACCACTTTGTTCCTACTAATCATCACCGCTTCTGCTCCGGTGGCCATCACGGCGGACGAGTTCAAGGTCGGCGGCGACGAGGGCTGGCGCCAGCCCGCCTCCAATGAAACTGACATGTACAGAAAGTGGGCCGAAACATTGAGATTCCACGTCGAAGATTCCCTACGTTTCGTGTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773115.1
MLPLQFNRKKLINIANSKMASFMGFRFTTLFLLIITASAPVAITADEFKVGGDEGWRQPASNETDMYRKWAETLRFHVEDSLRFVYKNDSVMVVEKFGYYHCNSTNPASVFKDGNTVINLERPGPAYFASGDPDHCKNGQRLMVEVVTLHPVSRSSPPAPSPSGAGSSSVVPQLLLFYLLVAASIHV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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