Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001322`

染色体: Chr07 坐标: 10160886-10162602 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001322`
名称	SmilChr07G001322
描述	GATA transcription factor 9-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10160886 - 10162602 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992486`
GeneID	`130992486`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992486`
原始查询	`SmilChr07G001322`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GATA transcription factor 9-like
产物	GATA transcription factor 9-like
Arabidopsis	`AT4G32890` (GATA9) GATA transcription factor 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829425] identity=45.1; qcov=1.01; evalue=1.53e-72; confidence=high
Rice	`Os05g0520300` (OsGATA1) - identity=40.4; qcov=1.27; evalue=1.39e-75; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00320 (GATA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773119.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773119.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773119.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773119.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057773119.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10161281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr7:10161317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr7:10161509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr7:10162252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B106,C45,C78
`Chr7:10162284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B114,B117,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773119.1

315 aa

158

315

GATA

PF00320 GATA 216-250 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773119.1`	Pfam	`PF00320`	GATA	Domain	216	250	4.3e-14	52.5	GATA zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917136.1
TGCCCACACTTTCACTAATAAAAAACCCACCACTTCTCACCTTCACTTTCAACACAGACACTGTTTTGAAAGTTAAATTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTACCGTTACTCCGCTTTTCCCACAGAGAAACTGTGAAAAAATTAATTTGTAATTTAGCTATGGAGTATTTTGCCGCTGATTATGCTGAATTCTCGTCGGTGGACAATGGCAATTTGAACGGCAACAACAATAATAATGGCGCCCATTTTACGGTGGATGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992486
ATGGAGTATTTTGCCGCTGATTATGCTGAATTCTCGTCGGTGGACAATGGCAATTTGAACGGCAACAACAATAATAATGGCGCCCATTTTACGGTGGATGATTTGCTGGATTTTTCCAAGGAGGATGAGACAATGACCGACGTGTTTTTCGAGAGCTTGCCGGGGAATTCAGGTGATTCCTCCACTGTTACGGCGGTTGACAGCTGTAATTCCTCGGTTTCCGGCGGAGGAGACGGCCAGTTCAACGGTAATATTAGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773119.1
MEYFAADYAEFSSVDNGNLNGNNNNNGAHFTVDDLLDFSKEDETMTDVFFESLPGNSGDSSTVTAVDSCNSSVSGGGDGQFNGNISCRSYNEPQFSGNELCVPYDDLAELEWLSNFVEESFSTDDLRFIPTTNAAASAAAKTVSADTSSSVITAHSPPSSVFPSDVSVPGKARSKRSRAPPCDWSSRLLLVAAPSPAPKMAASSKREAGEAPGRKCLHCASEKTPQWRTGPLGPKTLCNACGVRYKSGRLVPEYRPAASP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器