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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001324

染色体: Chr07 坐标: 10180925-10183995 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001324
名称SmilChr07G001324
描述protein transport protein SEC13 homolog B-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10180925 - 10183995 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992488
GeneID130992488
locus_tag-
NCBI NameLOC130992488
原始查询SmilChr07G001324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein transport protein SEC13 homolog B-like
产物protein transport protein SEC13 homolog B-like
ArabidopsisAT2G30050 (AT2G30050)
transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817556]
identity=81.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0135800 (OsWD40-36)
-
identity=80.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0030127 (COPII vesicle coat); GO:0031080 (nuclear pore outer ring); GO:0090114 (COPII-coated vesicle budding)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057773120.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057773120.1
3 Nuclear pore complex 核孔复合体 0.60000 XP_057773120.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773120.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057773120.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10181540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:10181673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C83
Chr7:10181918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773120.1
300 aa
N
1
150
300
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 7-37 aa PF00400 WD40 46-84 aa PF00400 WD40 95-131 aa PF00400 WD40 146-190 aa PF00400 WD40 205-240 aa
XP_057773121.1
300 aa
N
1
150
300
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 7-37 aa PF00400 WD40 46-84 aa PF00400 WD40 95-131 aa PF00400 WD40 146-190 aa PF00400 WD40 205-240 aa
XP_057773122.1
300 aa
N
1
150
300
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 7-37 aa PF00400 WD40 46-84 aa PF00400 WD40 95-131 aa PF00400 WD40 146-190 aa PF00400 WD40 205-240 aa
XP_057773123.1
300 aa
N
1
150
300
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 7-37 aa PF00400 WD40 46-84 aa PF00400 WD40 95-131 aa PF00400 WD40 146-190 aa PF00400 WD40 205-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773120.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 7 37 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773120.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 46 84 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773120.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 95 131 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773120.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 146 190 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773120.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 205 240 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773121.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 7 37 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773121.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 46 84 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773121.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 95 131 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773121.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 146 190 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773121.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 205 240 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773122.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 7 37 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773122.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 46 84 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773122.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 95 131 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773122.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 146 190 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773122.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 205 240 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773123.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 7 37 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773123.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 46 84 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773123.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 95 131 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773123.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 146 190 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057773123.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 205 240 8.6e-32 108.9 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917139.1
GATCTTTTTTTTGGTCAGTTATTAACTAAACGGAATATTTTAAGTGGAATTTGTTGTATTAATTATACACGAACAAATCAAAACATCCGAGCTGTTGGTATAAAAATATACCCATTTTCCTTCATGAGCTGATTTTAAAAATGCTATCTAATTTTACTGACGATTTTTTACTATAAAATTGATAACTGTATCAAGTCTCGAGCAGCGTATTTATCTATGATTATTCAAACGGCGTCGTTTTAACGGGACTACCTCGTATA...
XM_057917137.1
ATAAAATTGATAACTGTATCAAGTCTCGAGCAGCGTATTTATCTATGATTATTCAAACGGCGTCGTTTTAACGGGACTACCTCGTATAAAATGAAACATGAAAATTTCCAGATTTCAGTCAGAGCTCCTCCTGTTCCTCAGGCATCCTGTGAATCTTGATTGTTGAGATCTGCTTCCTGGCAATCAAGTTTGAGAATATCTTTTCTTCGGAACTTCATTGTTTACAGTAGCTACCATGATAATGTGAATGGACAAACAAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992488
ATGCCTGGGCAAAAGGTTGAAACTGGTCACCAAGATGTTGTTCATGACGTGGCAATGGATTATTATGGTAAACGTCTTGCTACAGCATCTTCAGACAACACTATCAAAATAATTGGAGTTAGCAATTCAGGATCTCAGCACCTTGCAACTTTGACTGGTCATCAAGGACCTGTGTGGCAAGCGTCATGGGCCCATCCTAAGTTCGGTTCACTCCTTGCATCATGTTCTTATGATGGAAAGGTTATACTCTGGAAGGAGGG...
LOC130992488
ATGCCTGGGCAAAAGGTTGAAACTGGTCACCAAGATGTTGTTCATGACGTGGCAATGGATTATTATGGTAAACGTCTTGCTACAGCATCTTCAGACAACACTATCAAAATAATTGGAGTTAGCAATTCAGGATCTCAGCACCTTGCAACTTTGACTGGTCATCAAGGACCTGTGTGGCAAGCGTCATGGGCCCATCCTAAGTTCGGTTCACTCCTTGCATCATGTTCTTATGATGGAAAGGTTATACTCTGGAAGGAGGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773120.1
MPGQKVETGHQDVVHDVAMDYYGKRLATASSDNTIKIIGVSNSGSQHLATLTGHQGPVWQASWAHPKFGSLLASCSYDGKVILWKEGNPNEWIQAHVFDDHKASVNSIAWAPHELGLCLACGSSDGNISVFTAKSDGGWDKSRIEQAHPVGVTSISWAPSTAPGALVGSGLLSAVQKLASGGCDNTVKVWKLDNGTWRMDCFPALHMHTDWVRDVAWAPNLGLPKSTIASASQDGKVVIWVAVKEGDQWEGKVLNDFGAP...
XP_057773121.1
MPGQKVETGHQDVVHDVAMDYYGKRLATASSDNTIKIIGVSNSGSQHLATLTGHQGPVWQASWAHPKFGSLLASCSYDGKVILWKEGNPNEWIQAHVFDDHKASVNSIAWAPHELGLCLACGSSDGNISVFTAKSDGGWDKSRIEQAHPVGVTSISWAPSTAPGALVGSGLLSAVQKLASGGCDNTVKVWKLDNGTWRMDCFPALHMHTDWVRDVAWAPNLGLPKSTIASASQDGKVVIWVAVKEGDQWEGKVLNDFGAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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