当前解析结果
SmilChr07G001326| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001326 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001326 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001326 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 10194134 - 10197911 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993805 |
|---|---|
| GeneID | 130993805 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993805 |
| 原始查询 | SmilChr07G001326 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=35.1; qcov=0.541; evalue=2.53e-58; confidence=medium |
| Rice | Os08g0106900- identity=39.3; qcov=0.642; evalue=7.2e-82; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF12776 (Myb_DNA-bind_3); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993805 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774824.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057774824.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774824.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774824.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057774824.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:10194152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B78 |
Chr7:10194159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr7:10194171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B130,B66,B86,C23 |
Chr7:10194183 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B101,B130,B66,C23,C4,C77 |
Chr7:10194189 |
T |
TCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B106,B22,B90,C3,C70,D9 |
Chr7:10194193 |
T |
TGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B106,B22,B90,C3,C70,D9 |
Chr7:10194196 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B106,B22,B90,C3,C70,D9 |
Chr7:10194209 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B22,B90,C70,D9 |
Chr7:10194218 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 77 | A1,A11,A2,A23,A4,A6,A9,B102,B105,B111,B12,B122,B124,B127,B130,B131,B132,B136,B139,B14,B15,B17,B34,B36,B4,B45,B55,B56,B6,B60,B62,B68,B69,B74,B77,B78,B91,B96,B98,B99,C1,C17,C18,C19,C20,C22,C24,C28,C30,C31,C33,C34,C35,C38,C4,C44,C45,C46,C5,C53,C63,C67,C7,C71,C72,C74,C76,C77,C81,C85,C9,D1,D2,D4,D5,D7,D8 |
Chr7:10194245 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr7:10194246 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C18,D10 |
Chr7:10194246 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C18,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774824.1PF26138
DUF8040 72-152 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 177-344 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 184-342 aa
PF12776
Myb_DNA-bind_3 379-437 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774824.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 72 | 152 | 2.8e-23 | 82.3 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057774824.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 177 | 344 | 4.7e-09 | 37.0 | Transposase DDE domain |
XP_057774824.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 184 | 342 | 2.4e-22 | 80.0 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057774824.1 |
Pfam | PF12776 |
Myb_DNA-bind_3 | Domain | 379 | 437 | 2e-05 | 26.2 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。