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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001335

染色体: Chr07 坐标: 10309916-10310839 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001335
名称SmilChr07G001335
描述uncharacterized SmilChr07G001335
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10309916 - 10310839 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992498
GeneID130992498
locus_tag-
NCBI NameLOC130992498
原始查询SmilChr07G001335

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773133.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773133.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057773133.1
4 Telomere 端粒 0.20000 XP_057773133.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773133.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10309992 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A18,A9,B56,B6,B78,B82,C32,C67,C68,C8,D11
Chr7:10310019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:10310025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:10310026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10310046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,C15
Chr7:10310050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10310123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,D10
Chr7:10310131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:10310277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,C37,C65,C77
Chr7:10310310 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 14 A20,B109,B27,B62,B73,B91,C11,C13,C19,C20,C27,C31,C69,C75
Chr7:10310400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B21,B45,C38,C51
Chr7:10310427 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917150.1
CATGCAAATCTAAAAGATTTATTGATAAAATCATGTTCATTTGTGCGGTTTCAAGGCCACAATATGACAATAAAGGTAAAAAAAAAATTGATGGTAAGTTTGGGATATTCCCATTTACTACGGTTGAGCCGGCTGTTAGGAACATCAAAAATAGATTGAAAGGCACGTTGGAAACAAAGCCAATCCAAACAATCACAAAGGAAGTCAGCAAAGATGTTTTCATCAACCAAATTATTCCAACAATTAAGGCCAAGTGGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992498
ATGTTCATTTGTGCGGTTTCAAGGCCACAATATGACAATAAAGGTAAAAAAAAAATTGATGGTAAGTTTGGGATATTCCCATTTACTACGGTTGAGCCGGCTGTTAGGAACATCAAAAATAGATTGAAAGGCACGTTGGAAACAAAGCCAATCCAAACAATCACAAAGGAAGTCAGCAAAGATGTTTTCATCAACCAAATTATTCCAACAATTAAGGCCAAGTGGCCTCGTGGTGCAAGCAGGCATATAATTATACAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773133.1
MFICAVSRPQYDNKGKKKIDGKFGIFPFTTVEPAVRNIKNRLKGTLETKPIQTITKEVSKDVFINQIIPTIKAKWPRGASRHIIIQQDNAKPHIKGSDHDFVIAATSDGFNIQLICQPPNSPYTNVNDLGFFRTIQSLQDDKLANGVEDLLKNMKDAFEELEPHMLNNVFLTLQGCYHEIIKCRGNNNYKIPHINKERLSRLGVLPECLEVAKQLVRDYLEELRRQQIEQGTIYNLDQLVDGLQQVVLMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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