Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001342`

染色体: Chr07 坐标: 10379808-10384568 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001342`
名称	SmilChr07G001342
描述	calcium sensing receptor, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10379808 - 10384568 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992505`
GeneID	`130992505`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992505`
原始查询	`SmilChr07G001342`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calcium sensing receptor, chloroplastic-like
产物	calcium sensing receptor%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G59780` (AT3G59780) Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825147] identity=48; qcov=0.698; evalue=5.37e-126; confidence=high
Rice	`Os01g0896500` (OsStr10) - identity=51; qcov=0.558; evalue=3.95e-106; confidence=medium
GO	GO:0009704 (de-etiolation); GO:0071277 (cellular response to calcium ion); GO:0090333 (regulation of stomatal closure)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773142.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057773142.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057773142.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057773142.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773142.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10380038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr7:10380048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C21,C73
`Chr7:10380384`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	A7,B111,B135,B19,B6,B75,B77,C17,C30,C37,C44,C5,C58,C67,C75,D1
`Chr7:10380388`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A7,B111,B135,B19,B6,B75,B77,C17,C30,C37,C44,C5,C58,C67,C75,D1
`Chr7:10380420`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B44,C12,C35,C53,C56,C86
`Chr7:10380539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C21,C73
`Chr7:10380684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B11,B53,C64,C66
`Chr7:10380739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C21,C73
`Chr7:10380811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B90,B92,B93
`Chr7:10380835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B28,B40
`Chr7:10381031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B106,B28,C78
`Chr7:10381105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917159.1
GATTAATTTGAGTTGACAAATCAAAATGCTACTCCAAAATAAGACACTTCGAGATGAAAAAAACGAAACTCCCAAGATTTTAATATGAAAGCTCTCACTCTAGTCTTTATCGGTTGCCTTAACAAGAATGGAATTTTCGTTTTTGATTTTTTGGGGCTGAAAACGAGGGATTAGGTGAATTTGCAGGAGTTGTTGACTCGAGTTGAGGAGGTGTTCAATATACAATGTTTCCGCTTTCCTCAGCAACTACTAAAAAGGTT...

XM_057917160.1
GATTAATTTGAGTTGACAAATCAAAATGCTACTCCAAAATAAGACACTTCGAGATGAAAAAAACGAAACTCCCAAGATTTTAATATGAAAGCTCTCACTCTAGTCTTTATCGGTTGCCTTAACAAGAATGGAATTTTCGTTTTTGATTTTTTGGGGCTGAAAACGAGGGATTAGGTGAATTTGCAGGAGTTGTTGACTCGAGTTGAGGAGGTGTTCAATATACAATGTTTCCGCTTTCCTCAGCAACTACTAAAAAGGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130992505
ATGTTTCCGCTTTCCTCAGCAACTACTAAAAAGGTTTCTGTTTGTGGAGGATTGAAATCCATTTCTCCACATGGGATGAGATTTGATGCCAAGTGCAACGGTTTTGACAAAGTTTTCATGAATTTCTCCAACAGTCTTGACGTTAGAACAAGACCTTCTTCGTGTCTTCACCTCAACAATGTCGGAAACACCAAACTGTCATTATATCCGACTGGATTTCAAAATTTGAGACAATGTAAGCTGAGCTGTTACCAAGTTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057773142.1
MFPLSSATTKKVSVCGGLKSISPHGMRFDAKCNGFDKVFMNFSNSLDVRTRPSSCLHLNNVGNTKLSLYPTGFQNLRQCKLSCYQVGHCLGSNNMMFVDGDELVDFLSNTIDNAEAPPSFADVESVVPSRLASHSFHVDTDALSFLETKLSDIVSKLKEAAADASNIGEDFLNKFSDSVTLPLTTNLKDTNRAVSDSINEIISFINKSAGPHSHGSELSGLCSELKEASSRAWPFALDVLRGTIVVVENSLERGGKIFGY...

XP_057773143.1
MFPLSSATTKKVSVCGGLKSISPHGMRFDAKCNGFDKVFMNFSNSLDVRTRPSSCLHLNNVGNTKLSLYPTGFQNLRQCKLSCYQVGHCLGSNNMMFVDGDELVDFLSNTIDNAEAPPSFADVESVVPSRLASHSFHVDTDALSFLETKLSDIVSKLKEAAADASNIGEDFLNKFSDSVTLPLTTNLKDTNRAVSDSINEIISFINKSAGPHSHGSELSGLCSELKEASSRAWPFALDVLRGTIVVVENSLERGGKIFGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器