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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001350

染色体: Chr07 坐标: 10445652-10448495 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001350
名称SmilChr07G001350
描述pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10445652 - 10448495 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992513
GeneID130992513
locus_tag-
NCBI NameLOC130992513
原始查询SmilChr07G001350

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein CRR2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G46790 (CRR2)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823832]
identity=66; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0848300
-
identity=53.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773151.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773151.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773151.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773151.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773151.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10446486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:10446662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:10446688 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr7:10446688 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr7:10446927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:10446945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:10447087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:10447724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82
Chr7:10447793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C75
Chr7:10447846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr7:10448082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773151.1
641 aa
N
1
320
641
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 133-161 aa PF01535 PPR 205-231 aa PF13041 PPR_2 233-280 aa PF01535 PPR 235-264 aa PF01535 PPR 307-334 aa PF13812 PPR_3 333-380 aa PF13041 PPR_2 333-381 aa PF01535 PPR 336-366 aa PF01535 PPR 372-399 aa PF01535 PPR 409-434 aa PF20431 E_motif 451-513 aa PF14432 DYW_deaminase 549-641 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 133 161 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 205 231 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 233 280 4.8e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 235 264 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 334 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 333 380 2.9e-18 66.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057773151.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 333 381 4.8e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 336 366 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 399 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 409 434 2.5e-48 159.7 PPR repeat
XP_057773151.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 451 513 8.9e-21 74.6 E motif
XP_057773151.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 549 641 1.5e-41 140.8 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917168.1
TGTTTATCCCTAATTCTAGGTTATTAGCGTGAATTTCATATATGATAGAGGTGAATTTTAAATTTCAGAGTGGATTTTCTTTTAAATGATATGGTACGAAACGCTTCGTTTTTGTCATTGCATTTAAAAAAAAATACTCCCTCCATCCGCGATATCGTTTCCACATTTGCTGTTTCGGTCCGTCTGCGATGTTTCCACTTCGGGCTATTCGGATTGTAATTTTTATCGGGTTGAAAATTTTCAACCCTAACTCTGTTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992513
ATGTTCCAAATTCAAACCCTCCAACCGACTCACCTCCCAACACCCTTACGCCGCCGCATCTCCGCCGCCTCCTCTTCAGCACTCACAGTCCCCATCTCCACCACCAACAAAAATCACTCAATCCAGACCCTCTGCAGAAAGGGCAAACTGAAACAAGCTATCCACTTGCTATCAAACGAGGACAATCCAACGCAGCACACCTACGAGCTCCTCATACAATCCTGCGCCCAGAAAAAGAGCCTCTCCGACGCATTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773151.1
MFQIQTLQPTHLPTPLRRRISAASSSALTVPISTTNKNHSIQTLCRKGKLKQAIHLLSNEDNPTQHTYELLIQSCAQKKSLSDAFTVHNNLTEDGFHEDPFLATKLINMYAELGSAPHARKVFDEITDRTIYVWNAIFRALSLLGDGEEVLRLYRRMNSIGMPSDRFTYTYVLKACVVSGSQLPLCGKEVHAQVLRRGYESHLHTMTTLVDMYAKFGCVESARVVFSSMPVKNPVSWSAMIACFAKNARPLEALELFREM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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