Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001351`

染色体: Chr07 坐标: 10449539-10454851 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001351`
名称	SmilChr07G001351
描述	lysM domain receptor-like kinase 3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10449539 - 10454851 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992512`
GeneID	`130992512`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992512`
原始查询	`SmilChr07G001351`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysM domain receptor-like kinase 3
产物	lysM domain receptor-like kinase 3
Arabidopsis	`AT1G51940` (LYK3) protein kinase family protein / peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841622] identity=67; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0741200` (OsLysM-RLK4) - identity=67.9; qcov=0.649; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0019199 (transmembrane receptor protein kinase activity); GO:0045087 (innate immune response)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF01476 (LysM); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992512

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057773150.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773150.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773150.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773150.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773150.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10449930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B78
`Chr7:10450270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr7:10450478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C61
`Chr7:10450650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:10451480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr7:10452020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10452021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10453879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C19
`Chr7:10453895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:10453898`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A23,B112
`Chr7:10453898`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A23,B112
`Chr7:10453909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773150.1

658 aa

329

658

LysM

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF01476 LysM 154-191 aa PF00069 Pkinase 357-627 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 359-628 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773150.1`	Pfam	`PF01476`	LysM	Domain	154	191	1.6e-06	28.6	LysM domain
`XP_057773150.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	357	627	1.7e-45	156.2	Protein kinase domain
`XP_057773150.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	359	628	1.6e-49	169.2	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917167.1
ATGTCGAGGTTGCTTGTGCACTACAAAATTGAAAAAGAAAAGCAGTTGAAGCAAAAGATTAGATTAATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTATTGGCAGTCGCTTTCTCTCTTTCTACACTGTACCGTTGCAGTTATCAGTCAGTAATCACCCTGCCCCTTATTTTCAGCCAAGAAACAAACAAAACAATAACCCAAAACAGGGAAAATGCTCTGCTCTCCTTCCTCTTTCTCTCACTCCCTCCATCAAATTTTAATCCATAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992512
ATGGGTCGTCAGAAAGAATCAATCTTGATTGTTCTTCATCTCCTACTCAAATTTCAAGTTTTTGCCGCAGCAGAGTATCCAGCTCCTCTCAATTGTACAGACACATCTCGTTTATGCACATCGTTTCTAGCCTTCAAGCCCTCTACACAGCAGAGTCTCCCAGTGATCTTAAGCATGTTTGATGTGTTGCAAGAAGACGTAACCGTTGAAGGAAATGGGAGGGACTACGTTTTTATAAAAAAGAACTGTTCTTGCGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773150.1
MGRQKESILIVLHLLLKFQVFAAAEYPAPLNCTDTSRLCTSFLAFKPSTQQSLPVILSMFDVLQEDVTVEGNGRDYVFIKKNCSCALELHKYLTNTTFTVRENNGSVYGLVRESYDGLAYFPSNLTRAAKRGAVVSLRLMCGCSSGLWNYMMSYVMQEGDSVESLASRFGVSMDSIESVNEIANPDNVTVGALYYIPLNSVPGEPYPVKNETTPTPAPAPAPSIGSIVGDQVNKKSHVPYWWIIGSLAVGLALIIVMVLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器