Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001365`

染色体: Chr07 坐标: 10574150-10575880 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001365`
名称	SmilChr07G001365
描述	uncharacterized SmilChr07G001365
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10574150 - 10575880 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992525`
GeneID	`130992525`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992525`
原始查询	`SmilChr07G001365`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=24.2; qcov=0.461; evalue=5.53e-13; confidence=weak
Rice	`Os12g0156200` - identity=25.3; qcov=0.384; evalue=7.83e-19; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057773171.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773171.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057773171.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773171.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773171.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10574307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,C39,C67,C80
`Chr7:10574308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,C39,C67,C80
`Chr7:10574328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr7:10574336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr7:10574377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr7:10574399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B30,B35,B89,D1
`Chr7:10574411`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B123,C51,C9
`Chr7:10574411`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B123,C51,C9
`Chr7:10574417`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B17,B30,B35,B4,B83,B89,C15,D1
`Chr7:10574446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B1,B124,B26,B60,B61,B77,C31,C66
`Chr7:10574515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A8,B17,B83
`Chr7:10574515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B17,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773171.1

484 aa

242

484

DUF4283

PF14111 DUF4283 38-114 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773171.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	38	114	1.1e-08	35.3	Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917188.1
TGAAACCCTCGCCGCCTTGGGGTTTTAGGAGTGCTGTCCTCTTCCGCTGCGGGAAGGTGTTCTCATCCCGTTCTTCTCCGGGAGTGTTGCTGTGTTCTCCTTTTGTTTTCCGGTTCTCTTCTCATGGACCCAGACGAAATTGCGAAACGCGTGGCCGAGATGCGTTTGTCGGCTGGTGAGCAATCAAAATCGGTAAGGATTTCGGCTACTGATGCTGTCAGAGGACAATCTAAGGTTAGAAAGATGATCATGGGGAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992525
ATGGACCCAGACGAAATTGCGAAACGCGTGGCCGAGATGCGTTTGTCGGCTGGTGAGCAATCAAAATCGGTAAGGATTTCGGCTACTGATGCTGTCAGAGGACAATCTAAGGTTAGAAAGATGATCATGGGGAAAATTTTCTCTGAACGAATAGTTAATCGTGAAGCTCTTCGTGATAATCTCCCCAGTCTTCTTAAACCTCGTGGGACTATGGAAATCGAACTTATTGGGCGTAATACCTTTGCAATATCCCTGGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773171.1
MDPDEIAKRVAEMRLSAGEQSKSVRISATDAVRGQSKVRKMIMGKIFSERIVNREALRDNLPSLLKPRGTMEIELIGRNTFAISLDFESDRDRITYDGPWHFFNELMILQQADPSNTAANTTFEQIPFWVQLHNMPIAYMDPHIIRRIGEQIGQVLEIDDNRGGSYVGCFARVKVLRSINNPLIRCVPLKFDGVQEDGMILVLYEKLPDHFCFACGKLGHYLRNCGVDEEQKLNPKFGNWLKAGRGIDYRKGNAPRYVTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器