当前解析结果
SmilChr07G001366| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001366 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001366 |
| 描述 | acid phosphatase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 10578598 - 10580316 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992526 |
|---|---|
| GeneID | 130992526 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992526 |
| 原始查询 | SmilChr07G001366 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acid phosphatase 1-like |
| 产物 | acid phosphatase 1-like |
| Arabidopsis | AT4G29270 (AT4G29270)HAD superfamily, subfamily IIIB acid phosphatase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829048] identity=45.7; qcov=0.992; evalue=1.41e-78; confidence=high |
| Rice | Os06g0139800- identity=50; qcov=0.831; evalue=1.25e-74; confidence=high |
| GO | GO:0003993 (acid phosphatase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03767 (Acid_phosphat_B) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992526 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057773172.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057773172.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773172.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773172.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773172.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:10578775 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,D4 |
Chr7:10578790 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,D4 |
Chr7:10578889 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,B95 |
Chr7:10579012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:10579040 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B65 |
Chr7:10579040 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr7:10579118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,D4 |
Chr7:10579900 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B112,B34,C58,C73 |
Chr7:10580092 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C16 |
Chr7:10580161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773172.1PF03767
Acid_phosphat_B 41-259 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773172.1 |
Pfam | PF03767 |
Acid_phosphat_B | Family | 41 | 259 | 6.2e-76 | 255.6 | HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。