当前解析结果
SmilChr07G001368| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001368 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001368 |
| 描述 | protein IQ-domain 26-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 10609839 - 10612787 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992527 |
|---|---|
| GeneID | 130992527 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992527 |
| 原始查询 | SmilChr07G001368 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein IQ-domain 26-like |
| 产物 | protein IQ-domain 26-like |
| Arabidopsis | AT3G16490 (IQD26)IQ-domain 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820897] identity=57; qcov=0.964; evalue=1.37e-110; confidence=high |
| Rice | Os05g0187500 (GW5)- identity=47.3; qcov=1.1; evalue=1.32e-80; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00612 (IQ); PF13178 (DUF4005) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992527 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057773174.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057773174.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.60000 | XP_057773174.1 |
| 4 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057773174.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773174.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:10610865 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A1,B88,C33 |
Chr7:10611732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B88,C33,C7 |
Chr7:10611819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,B94 |
Chr7:10612006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B44 |
Chr7:10612058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,B85,B92 |
Chr7:10612198 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C84 |
Chr7:10612198 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr7:10612385 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr7:10612439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr7:10612448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B105,B124,C18 |
Chr7:10612482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B35,C2,C64,C66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773174.1PF00612
IQ 137-155 aa
PF00612
IQ 161-175 aa
PF13178
DUF4005 332-401 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773174.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 137 | 155 | 1.1e-08 | 34.9 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057773174.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 161 | 175 | 1.1e-08 | 34.9 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057773174.1 |
Pfam | PF13178 |
DUF4005 | Family | 332 | 401 | 1.2e-11 | 45.8 | Protein of unknown function (DUF4005) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。