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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001368

染色体: Chr07 坐标: 10609839-10612787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001368
名称SmilChr07G001368
描述protein IQ-domain 26-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10609839 - 10612787 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992527
GeneID130992527
locus_tag-
NCBI NameLOC130992527
原始查询SmilChr07G001368

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein IQ-domain 26-like
产物protein IQ-domain 26-like
ArabidopsisAT3G16490 (IQD26)
IQ-domain 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820897]
identity=57; qcov=0.964; evalue=1.37e-110; confidence=high
RiceOs05g0187500 (GW5)
-
identity=47.3; qcov=1.1; evalue=1.32e-80; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00612 (IQ); PF13178 (DUF4005)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992527

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773174.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057773174.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057773174.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057773174.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773174.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10610865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B88,C33
Chr7:10611732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B88,C33,C7
Chr7:10611819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B94
Chr7:10612006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B44
Chr7:10612058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B85,B92
Chr7:10612198 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C84
Chr7:10612198 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C84
Chr7:10612385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr7:10612439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr7:10612448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B105,B124,C18
Chr7:10612482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B35,C2,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773174.1
415 aa
N
1
208
415
IQ
IQ
DUF4005
C
PF00612 IQ 137-155 aa PF00612 IQ 161-175 aa PF13178 DUF4005 332-401 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773174.1 Pfam PF00612 IQ Motif 137 155 1.1e-08 34.9 IQ calmodulin-binding motif
XP_057773174.1 Pfam PF00612 IQ Motif 161 175 1.1e-08 34.9 IQ calmodulin-binding motif
XP_057773174.1 Pfam PF13178 DUF4005 Family 332 401 1.2e-11 45.8 Protein of unknown function (DUF4005)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917191.1
ATAAAGATCAACATATAAGAGCCGTGTATTTTCTCTCATATATTGCGCACGTTGCTCCATGAAGCTTGAGAGAGAGAGATAGAGGAGAGAGAGGGAGTGAGATTCTATAGTTTTTGTGGGTTACTGGTTGGAGCAAGTGGAAATATTGAGTGGCTGTTTGAATTTTAAAAAGTTGTGAGAGAAATGATTGCAGATGCATGAACATGAGCTTCCCATTGCTAAAAAAGAAAAAAGAAAAAATGGGGAAAGCTACAAAGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992527
ATGAACATGAGCTTCCCATTGCTAAAAAAGAAAAAAGAAAAAATGGGGAAAGCTACAAAGTGGTTGAAGGGCTTGCTTGGGATGAAGAAAGATAAAGACAACGTGGAAAGCAATTCAAATTGCGGCGATAATAAGAGAGAGAAGAAGCGGTGGAGCTTTGCCAAGTCCGGCAAGGATTCCGGCGGATTTAATCAGATTCCGGTGGATATTCCGGCGGCCGATTCGGCTTGGTTGAGATCCTACATTGGTGGCACGGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773174.1
MNMSFPLLKKKKEKMGKATKWLKGLLGMKKDKDNVESNSNCGDNKREKKRWSFAKSGKDSGGFNQIPVDIPAADSAWLRSYIGGTDKEQNKHAIAVAAATAAAADAAVAAAQAAVAVVRLTSQGKGGLYTGGRERLAAVKIQTVFRGFLARKALRALKGLVKLQALVRGYLVRKRAAATLHSMQALFRAQAAVRSQRARRSISNDYRYQLETRGRKPVDRFDENRSEFHSKRVVSTSCDPSVNTFDESPKIVEIDTCGPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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