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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001369

染色体: Chr07 坐标: 10626975-10629682 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001369
名称SmilChr07G001369
描述uncharacterized SmilChr07G001369
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10626975 - 10629682 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992528
GeneID130992528
locus_tag-
NCBI NameLOC130992528
原始查询SmilChr07G001369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0765500; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os01g0765500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0765500
-
identity=45.2; qcov=0.107; evalue=6.94e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057773175.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057773175.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057773175.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773175.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773175.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10627497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B66
Chr7:10627811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:10627863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:10627970 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 26 A23,B120,B132,B135,B15,B19,B25,B29,B32,B45,B47,B50,B54,B60,B62,B86,B99,C24,C34,C38,C43,C57,C59,C74,C85,D9
Chr7:10627974 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 24 A23,B120,B132,B135,B15,B19,B25,B29,B32,B45,B47,B50,B54,B60,B62,B86,B99,C34,C38,C43,C57,C59,C74,D9
Chr7:10628021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:10628043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B53,C14,C73
Chr7:10628462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C31,C61,D11
Chr7:10628513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:10628702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,C73,C82,D7
Chr7:10628732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr7:10628974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917192.1
AACTCAACATCTCCCATTTCCCTCCAATTTTGCCTCTTTCAATTTCGAGGGGAGTTTGCAGAATTCTCACTTCCTCTTTCTCTCGTTGAATAATAAGCACACGCACTGAAAAATCGAAAGATTTGAAGAAGCAAAGAAATGAATGGTTTTGAGAAGGGTTTGTCTCCATCGAAATCGAATGCGAACCGCAATTTCCCGTCTTCTGGATCGGTGGAGAATGATGAGAATGATTCAAGTGTGGATAAATTGATTCCACAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992528
ATGAATGGTTTTGAGAAGGGTTTGTCTCCATCGAAATCGAATGCGAACCGCAATTTCCCGTCTTCTGGATCGGTGGAGAATGATGAGAATGATTCAAGTGTGGATAAATTGATTCCACAATTTGCAAACAACGAAATTGCATATGGCAAACATTTCATGTCTGGAGTTGCAAGAAAGAAAATTCTTGCTGAGATAAAGGGAAATCCAAGCATTTGTGATGCTCAAGCTCACAAAAACTCCAATCTGGATTTGGAAAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773175.1
MNGFEKGLSPSKSNANRNFPSSGSVENDENDSSVDKLIPQFANNEIAYGKHFMSGVARKKILAEIKGNPSICDAQAHKNSNLDLESSPPKRGICNSSVKVYDPLTNYLSPRPRYLRFNPNRRREILKRFEKELNSSLDSEEASDEEEIADSSLSPPKGSVVDGYEAVEEEIADSSRSPPKGNDVNQRNGVASDEGNGSVVDGYESEEEEMEKGWCLRGISKLLFTLIACLLLTSYISPMNSPTDLPTQQAIWDFKDSGVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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