Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001378`

染色体: Chr07 坐标: 10694653-10696101 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001378`
名称	SmilChr07G001378
描述	acid phosphatase 1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10694653 - 10696101 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992660`
GeneID	`130992660`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992660`
原始查询	`SmilChr07G001378`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	acid phosphatase 1-like
产物	acid phosphatase 1-like
Arabidopsis	`AT4G29270` (AT4G29270) HAD superfamily, subfamily IIIB acid phosphatase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829048] identity=50.7; qcov=0.827; evalue=4.79e-75; confidence=high
Rice	`Os06g0139800` - identity=48.6; qcov=0.831; evalue=6.09e-73; confidence=high
GO	GO:0003993 (acid phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03767 (Acid_phosphat_B)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057773381.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057773381.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773381.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773381.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773381.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10694912`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A4,B101,B105,B115,B128,B21,B45,B48,B51,B53,C27,C31,C34,C38,C49,C51,C56,C61,C62,C85
`Chr7:10695758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	21	A22,A23,B104,B108,B126,B132,B133,B14,B15,B17,B47,B50,B86,C10,C13,C24,C38,C41,C43,C74,C9
`Chr7:10695763`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B106,C45,C70
`Chr7:10695814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,B84
`Chr7:10695818`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C13
`Chr7:10695818`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C13
`Chr7:10695925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,B78,B82,B84
`Chr7:10695973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,B84,C19
`Chr7:10695984`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A20,A5,A8,B16,B18,B23,B79,C28,C50,C53,C71
`Chr7:10696012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773381.1

260 aa

130

260

Acid_phosphat_B

PF03767 Acid_phosphat_B 41-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773381.1`	Pfam	`PF03767`	Acid_phosphat_B	Family	41	259	3.1e-73	246.8	HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917398.1
GCGCATCATAATTTGAGTATGGGGCTTCAAATCTTCCTATTTCTCGCAACTCTATTGTTCTTATCCCATGCACAGTCCGACGTCGTTGTGAGTTCAATCCTTCAACTACGCCCCCCCTCCGGCACCGGCGGCCACCGCGTCGATGGCGTGAACTGCATGAGCTGGCGGCTGGCGGTGGAAACCAACAACCTCCAAGGCTGGAAGCTGGTGCCGATGTCCTGCGAGACCTACGTCGGCAATTACATGCTCGGCATGCAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992660
ATGGGGCTTCAAATCTTCCTATTTCTCGCAACTCTATTGTTCTTATCCCATGCACAGTCCGACGTCGTTGTGAGTTCAATCCTTCAACTACGCCCCCCCTCCGGCACCGGCGGCCACCGCGTCGATGGCGTGAACTGCATGAGCTGGCGGCTGGCGGTGGAAACCAACAACCTCCAAGGCTGGAAGCTGGTGCCGATGTCCTGCGAGACCTACGTCGGCAATTACATGCTCGGCATGCAGTACCGCCTCGACTGCGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773381.1
MGLQIFLFLATLLFLSHAQSDVVVSSILQLRPPSGTGGHRVDGVNCMSWRLAVETNNLQGWKLVPMSCETYVGNYMLGMQYRLDCEAVADAAIEYAKTVKPAADGKDVWVFDIDETTLSNLPYYARSDVLFGAIAYNSTRFNEWVAEGKAPAVPGIQRLYLAVQSLGFGTVFLSGTGEKFTDIRTSNLQESGYNNWKKLTLKGEDEHGMPALLYKSQKRTELVNEGYRIVGNVGDQWSDLLGANVGNRTFKVPDPMYYVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器