当前解析结果
SmilChr07G001384| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001384 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001384 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase APG |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 10738662 - 10740362 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992638 |
|---|---|
| GeneID | 130992638 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992638 |
| 原始查询 | SmilChr07G001384 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase APG |
| 产物 | GDSL esterase/lipase APG |
| Arabidopsis | AT3G16370 (AT3G16370)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820884] identity=71.3; qcov=0.94; evalue=1.12e-175; confidence=high |
| Rice | Os06g0148200 (OsGELP74)- identity=69.6; qcov=0.934; evalue=9.81e-167; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds); GO:0048046 (apoplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992638 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057773342.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773342.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773342.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773342.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773342.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:10738946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,C3 |
Chr7:10739001 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C17,C18,D5 |
Chr7:10739364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:10739505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr7:10739547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr7:10739559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr7:10739633 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B6,C67 |
Chr7:10740067 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B34 |
Chr7:10740109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B10,B69,C48,C5 |
Chr7:10740142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773342.1PF00657
Lipase_GDSL 28-339 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773342.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 28 | 339 | 4.6e-35 | 122.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。