Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001386`

染色体: Chr07 坐标: 10762301-10763932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001386`
名称	SmilChr07G001386
描述	stellacyanin-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10762301 - 10763932 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992680`
GeneID	`130992680`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992680`
原始查询	`SmilChr07G001386`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stellacyanin-like
产物	stellacyanin-like
Arabidopsis	`AT5G07475` (AT5G07475) Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830639] identity=50.3; qcov=0.949; evalue=4.07e-51; confidence=high
Rice	`Os04g0545400` (OsUCL14) - identity=58.5; qcov=0.73; evalue=1.03e-47; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG	-
Pfam	PF02298 (Cu_bind_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057773413.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773413.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773413.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773413.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773413.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10762545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr7:10762594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C39
`Chr7:10762617`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:10762630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C39
`Chr7:10762645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr7:10762669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr7:10763689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773413.1

178 aa

178

Cu_bind_like

PF02298 Cu_bind_like 33-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773413.1`	Pfam	`PF02298`	Cu_bind_like	Domain	33	113	2e-20	73.3	Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917430.1
TCAAAACTAATTAATTATTTCAATTATCAACTGTTTATTAATTTCCTCTTTCGTTTAAAATTATTGGTAGAAACCAACATGTTTGGTATGTGAATATTCTGAAATGAAATCTCCATTCTTGCTTTAAAATAAATATGTTAGGTGATCTAATGAGAGAATTAGAATTCTTTATAAGCACGAACATGCATCTAATCCCCAGCAGCTTGAGAAATGGGAAATATTAATGTATTAATGAGTGCAACACTTGTGTTGCTCCATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992680
ATGGGAAATATTAATGTATTAATGAGTGCAACACTTGTGTTGCTCCATTGCTTAAGATGTTCAGCAAGTGTTTACACGGTGGGCGACAGCTCCGGCTGGGATATCAGCACCGACCTCGACTCATGGTCCAACGACAAGACTTTCTCCACCGCCGACACCTTACTGTTCCAGTATTCGCAGTACCATTCGGTGAGCGAGGTGAGCGAGGCGAACTACAAGGTGTGCAACATGACGAACGCGCTACAGTCGAGTAGCAACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773413.1
MGNINVLMSATLVLLHCLRCSASVYTVGDSSGWDISTDLDSWSNDKTFSTADTLLFQYSQYHSVSEVSEANYKVCNMTNALQSSSNGNTTFALTTPGDRYFVCGNRLHCLGGMKLHVHVVENQTVAGPAGAPQAQPGGSLPPGSSKTNGPSNSVSFVNPTALEALLLPFFASLFIFFS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器